Інкубаційний період від 8 до 17 днів, зазвичай 10-13 днів. Продромальний період (2-4 дні) починається гостро з ознобу, температурної реакції, слабкості, головного та м'язового болю, болю в животі, крижах (патогномонично). Відзначаються грипоподібні симптоми, носові кровотечі. На 2-3-й день хвороби в 25-40% випадків виникає «передвісники» висип на грудях, внизу живота, на стегнах, схожа на корову або скарлатінозную.
До кінця продромального періоду температура знижується, стан покращується і на цьому тлі з'являється висип - спочатку на щоках, слизовій оболонці глотки і бронхах, а потім захоплює послідовно обличчя, кінцівки і тулуб. Концентрація висипу посилюється в дистальних ділянках тіла, що має диференційно-діагностичне значення. Висип з'являється на долонях і стопах, щадить пахвові западини, відсутня навколо пупка. Її еволюція від вузликів до пустули відбувається протягом 6-8 днів. Температура до цього часу підвищується, віщуючи пустулізацію. Нагноєння везикул відбувається на тлі набряку і напруженої шкіри при загальному погіршенні стану. До 10-14-го дня від початку захворювання починається підсихання пустул, що супроводжується болісним сверблячкою. Корки відпадають до кінця 3-го і протягом 4-го тижня хвороби, залишаючи щільні білясті рубці.
Розрізняють легку форму хвороби - варіолоід (віспу у щеплених), віспу без висипки, абортивні форми; середньої тяжкості - роздільна форма; важку - зливну і дуже важку - геморагічна ( «чорна») віспа, оспенная пурпура, злоякісна зливна віспа. Аластрім за клінічними проявами нагадує варіолоід. Головними відмінними рисами її є відносно легкий перебіг, низький контагіозний індекс. Перебіг доброякісний.
Ускладнення віспи часті і різноманітні. Вони обумовлені вторинної гноеродной флорою, вражають будь-який орган, розвивається сепсис. У комбінації з важким специфічним ураженням центральної нервової системи і серцево-судинними розладами токсичного характеру вони протікають вкрай важко. Можливі енцефаліт, менінгіт, мієліт, гострі психози, токсичний і септичний ендокардит; ураження органів дихання (набряк гортані з явищами стенозу, абсцеси легенів), органів травлення (глосит, стоматит, заглотковий абсцес).
«Довідник по диференціальної діагностики інфекційних хвороб», А.Ф. Фролова