Московські правителі проявляли велику "свавілля" в організаційних церковних справах, призначаючи на вищі церковні посади або проганяючи неугодних ієрархів. Однак чим сильніше була організаційна залежність, тим міцніше релігійна свідомість трималося за незалежність "священного перекази". Тому перегляд богослужбових книг в середині XVII століття, прийнятий з ініціативи патріарха Никона, був сприйнятий значною частиною народу як відступ від канону і привів до тривалого розколу з його постійною тенденцією переходу в народні бунти, невизнання офіційної влади.
Цілі церковної реформи середини XVII ст. Церковна реформа переслідувала наступні цілі: усунення відмінностей в богословській практиці між грецькою і російської церквами. Це дозволяло відновити зв'язок з європейським православним світом, прив'язати Росію до Європи духовно і тим самим розширити можливості для впливу в християнському світі; введення однаковості в церковній службі по всій країні, так як на місцях богослужіння велося по-різному, ми мали риси язичницьких культів.
Урядова політика щодо православ'я і церкви кілька змінюється лише в кінці XVIII століття. Церкви повертається ряд пільг, частина майна, монастирі звільняються від деяких повинностей.
У XVIII- XIX ст. урядом робиться ряд законодавчих адміністративних заходів, що ставлять православ'я в особливе становище в державі. За підтримки світської влади розвивається православне місіонерство, зміцнюється шкільне духовне і богословську освіту.
Таким чином, положення російської православної церкви в Російській імперії визначалося реформою початку XVIII в. яка скасувала патріаршество і встановила державну церковність в особі православ'я. Церква була позбавлена самостійності і перетворилася в одне з установ державного управління. У наступні за реформою два століття вона обожнювала царську владу, визнаючи царя верховним правителем церкви через Синод, який перебуває під контролем і керівництвом обер-прокурора, який призначається царем. Ідея самодержавства була політичним символом віри російського православ'я.
Будучи частиною державного апарату, православна церква користувалася особливими привілеями: володіла нерухомим майном, отримувала субсидії від скарбниці, здійснювала контроль за народною освітою. Право на пропаганду свого віровчення, місіонерство закріплювалося в законі тільки за православною церквою.