Прийшовши до влади в результаті військового перевороту. він очолив Раду командування революції національного порятунку, а потім став президентом країни. В період його правління тривала громадянська війна в Південному Судані. що закінчився підписанням мирної угоди і незалежністю півдня країни. У той же час вибухнув кровопролитний конфлікт в Дарфурі. в результаті якого загинули 200 - 300 тисяч чоловік і близько 2,7 млн. стали внутрішньо переміщеними особами [2]. Паралельно вибухнув конфлікт з сепаратистами в Південному Кордофане.
При аль-Башира Судан зазнав ісламізації держапарату і багаторазово критикувався з боку міжнародного співтовариства (аж до визначення Судану як «країни-ізгоя»). У той же час вдалося досягти деяких успіхів в економіці за рахунок збільшення видобутку і продажу нафти, а також налагодити хороші відносини з Китаєм. Росією [1] [3] і деякими іншими державами.
На чолі держави
Громадянська війна
У період правління Омара аль-Башира тривав військовий конфлікт з Південним Суданом. населеним переважно чорношкірими християнами. Урядові війська проводили масові розстріли і тортури, спалювали села і отруювали колодязі, встановлювали міни в полях і садах. Суданська армія за підтримки танків, артилерії і авіації наносила удари не по таборах повстанців, а по житлових будинках, школах і лікарнях. Отримуючи на півдні країни нафту, уряд продавало її на Захід, а отримані гроші використало на придбання зброї. Каральними рейдами армія примушувала християнське населення перейти в іслам, іноді урядові війська викрадали дітей і виховували їх як мусульман, або продавали в арабські країни в якості рабів. Всі ці дії лише збільшили популярність ідеї незалежності серед чорношкірих християн: конкуруючі племена Південного Судану стали об'єднуватися в боротьбі з Хартумом.