Біопсія може бути проведена наступними методами. 1. Висічення будь-яким хірургічним інструментом шматочка тканини або органу в розмірах, визначених топографією поразки, його клінічним характером і т. П. Бажано висічення тканини не тільки з ураженої ділянки, а й з прикордонної зони здорової тканини. Неприпустимо ділити посічений шматочок на частини і посилати кожну з них для дослідження в різні лабораторії, так як в різних ділянках біопспрованной тканини характер процесу може виявитися неоднорідним.
2. Зіскоблювання за допомогою скальпеля або шпателя поверхневих шарів ділянки ураження (поверхнева біопсія); отриманий зішкріб наносять на скло і в подальшому фіксують і забарвлюють або обробляють за загальними правилами гістологічної техніки (див.). До поверхневої біопсії можна віднести і соскабливание шару слизової оболонки з порожнинних органів, зокрема кюретаж порожнини матки. Великі частинки соскобов слизової оболонки матки фіксують і досліджують за загальними правилами гістологічної техніки.
3. Пункція, або аспірація (пункційна, аспіраційна біопсія), найбільш широко застосовується при діагностиці уражень кровотворних органів (пункція кісткового мозку, лімфатичних вузлів, селезінки), а також печінки, пухлин органів, доступних для пункції, міокарда, нирок. Для цієї мети використовують звичайні або спеціальні порожнисті голки, що з'єднуються зі шприцом, за допомогою якого насмоктують дрібні частинки відповідних тканин (див. Цитологічна діагностика). Аспіраційний метод застосовують також для гисто- і цитологічного дослідження вмісту бронхів, шлунка, хоча це і не є біопсією в звичайному сенсі цього поняття. 4. Відрив частинок слизової оболонки і патологічних ділянок її за допомогою спеціальних приладів (езофагоскопа, бронхоскоп, уретроскопію, гастроскоп) з наступним гістологічним дослідженням.
При дослідженні матеріалів біопсії частіше застосовують оглядові гістологічні і цитологічні методи. Однак для точності діагнозу необхідно розширення методичних прийомів (забарвлення ліпідів, імпрегнація сріблом ретикулінові, нервових волокон і ін.). Найбільші труднощі представляє диференціальна гістологічна діагностика гіперпластичних і пухлинних процесів. Розширення вимог і точної ідентифікації процесу в зв'язку з розширенням диференціації та поглибленням уявлень про суть багатьох патологічних станів іноді вимагає від дослідника відомої спеціалізації в області приватної патології (патологія жіночої статевої сфери, кровотворних органів, нервової системи).
При діагностичної біопсії істотно важливі максимальна швидкість дослідження і висновки, для чого застосовують прискорені методи обробки (приготування заморожених гістологічних зрізів, прискорена заливка в целлоидин парафін і т. Д.). Якщо висновок про гістологічної ідентифікації процесу необхідно отримати протягом операції для визначення характеру і обсягу хірургічного втручання (часткова резекція молочної залози або радикальна мастектомія і ін.), Вдаються до експрес-діагностичної методики (цітодіагностіка, від cito - скоро). Звичайним прийомом в цих випадках є фіксація матеріалу для дослідження, яке підігрівається на спиртівці формаліні протягом 3-4 хв. з подальшим виготовленням заморожених зрізів і забарвленням їх.