Необхідність у фахівцях, яку вже не могли задовольнити монастирські школи, привела до появи нових інститутів. Так, в містах з'являються міські школи (магістратські, цехові, гильдейские). Тут вперше почали навчати дітей рідною мовою, звертати увагу на повідомлення корисних знань.
Але були необхідні і інститути, що дають вищу освіту. Тому починають складатися позацерковні союзи вчених. Саме так виникли медична школа в Салерно, юридичні школи в Болоньї і Падуї.
Необхідність появи нових форм освіти розуміли і влади.
Починаючи з 12 століття, з'явилися перші університети. Вони створювалися як вищі навчальні заклади. Назва походить від латинського слова "універсум", тобто співтовариство. Щоб стати університетом, установі потрібно було отримати папську буллу (указ) про своє створення.
Своєю буллою Папа Римський виводить ці школи з-під контролю світської і, частково, місцевої церковної влади. Папи узаконювали існування університету.
Найважливішою привілеєм університету було право на присвоєння вчених ступенів (лінціати, доктора і т.д.). Зрозуміло, і інші установи видавали дипломи про своїм випускникам: академії, різні школи і т.д. Але вони зізнавалися тільки там, де існувала влада, що узаконила ці установи, наприклад у рідному місті. А дипломи університетів визнавалися усім католицьким світом. Отримав диплом людина могла викладати і працювати в будь-якій католицькій країні.
Слід врахувати, що середніх століть невідомо було і те значення університету, яким користуємося ми зараз. Для нашого часу століття, як правило, університет - це сукупність всіх наук на противагу спеціальним вищим навчальним закладам. У середні ж століття термін "universitas" означав універсальність навчання, а будь-який організований союз, яку корпорацію. Для їх позначення застосовувалися також слова corpus, колегія. Ці об'єднання, таким чином, включали в себе людей зі спільними інтересами і незалежним правовим статусом. У Болоньї, Падуї, Монпельє існувало фактично кілька університетів, але вони вважали себе частинами однієї "universitas". Тільки в 14-15вв. університет стане окремим академічною установою.
Середньовічний університет, безсумнівно, був продуктом саме західноєвропейської середньовічної цивілізації. У певному сенсі його попередниками були деякі навчальні заклади класичної давнини: філософська школа в Афінах (4 ст. До н.е.), школа права в Бейруті (3-6вв.), Імператорський університет в Константинополі (424 - 1453 рр.). Їх організація і програма окремих курсів нагадують середньовічні. Так, наприклад, в Бейруті існував обов'язковий п'ятирічний академічний курс з певними циклами, в Константинополі в одному центрі були зібрані вчителі граматики, риторики, філософії і права. Тут також вивчали квадріум і тріміум. В якості основного природно використовувався грецьку мову. Існувала ціла система шкіл. Але ці школи були досить жорстко підпорядковані державі. Ні про яку автономію, а, отже, і свободи думки не йшлося.
Широко була розвинена практика отримання освіти у окремих світських вчених.
Але тільки в Західній Європі виник університет як спеціальна організація для освіти.
Його специфіку визначали три найважливіші моменти - автономія, виборність влади і дискусія як основа навчання і науки. Найважливішою відмінністю університету була його значна незалежність від різних властей, будь то церковні або світські.
Університет володів цілим рядом прав і привілеїв:
право вивчати не тільки сім вільних мистецтв, а й право (цивільне і канонічне), теологію, медицину.
право отримувати частину бенефіціальное церковних доходів на навчання.
право власника ступеня з однієї школи викладати в будь-якому іншому університеті без додаткових іспитів (ius ubique docendi).
особлива підсудність для школярів - на свій вибір або перед вчителями або місцевим єпископом замість загальної підсудності міським суддям. Так в Парижі вони підлягали суду ректора або паризького прево (королівський намісник Парижа), але не місцевому суду городян.
право видавати свої закони, статути і розпорядження, які регламентують оплату праці викладачам, прийоми і методи навчання, дисциплінарні норми, порядок проведення іспитів і т.д.
Так Болонський університет вважався найвідомішим і престижним юридичним вузом. А паризький теологічний факультет надавав величезний вплив на політику церкви і французької держави. Саме його представники добилися припинення Великої схизми, зумівши змусити претендентів на папський престол домовитися між собою. Вони ж висунули ідеї соборності і галіканізма церкви.
Оксфордський славився тим, що тут в меншій мірі були представлені богословські проблеми, зате більша увага приділялася природничим наукам.
В Саламанці найбільш активно вивчали літературу арабів і євреїв. Вважалося, що тут активно вивчають і чорну магію.
Решта університетів багато в чому наслідували їм. Особливо наслідували Паризькому університету, який навіть прозвали в середні століття "Сінаєм вченості".
Вважається, що саме він ввів в практику юристів кодекс Юстиніана, звід законів, де велика увага приділялася різним видам власності.
Лекції Ирнерия виявилися дуже популярні, і до нього стали стікатися учні з усіх кінців Європи.
Але справжній зростання значення Болонської школи починається з середини 12 століття. У 1158 року німецький імператор Фрідріх I Барбаросса захопив один з найбільш багатих міст Ломбардії - Мілан і скликав на Ронкальском поле (на р. По, між П'яченца і Пармою) сейм з метою нав'язати північноіталійським містах новий порядок управління. На знак подяки за допомогу з боку болонських професорів, в цьому ж році він видав закон, за яким брав під своє заступництво тих, хто "подорожує заради наукових занять, особливо викладачів божественного і священного права"; болонські школярі звільнялися від кругової поруки в сплаті податків і від підпорядкування міським судам Болоньї.
Інший тип об'єднання представлений Паризьким університетом. Тут об'єднання почали не школярі, а викладачі. Але це були не прості вчителі, а студенти старших факультетів, які встигли закінчити підготовчий факультет. Вони були одночасно і магістрами семи вільних мистецтв, і студентами. Природно, що вони почали протиставляти себе іншим викладачам, школярам-підготовчої групи і городянам, вимагати визначення свого статусу. Новий університет розвивався бурхливо, Об'єднання з іншими факультетами відбувалося поступово. Могутність університету виросло в запеклій боротьбі з духовними і світськими властями. Підстава університету датують 1200 роком, коли вийшли указ французького короля і булла папи Інокентія III, які визволяли університет від підпорядкування світської влади. Автономія університету була закріплена буллами пап 1209, 1212, +1231 років.
У 13 столітті виникає і Оксфордський університет. Як і Паризький університет, він виникає після маси конфліктів з міськими та церковною владою. Після однієї з таких сутичок в 1209 року студенти в знак протесту пішли в Кембридж і там виник новий університет. Ці два університети настільки тісно пов'язані один з одним, що часто об'єднуються під загальною назвою "Оксбридж". Особливістю Оксбриджа є і наявність так званих коледжів (від слова "колегія"), де студенти не тільки навчалися, а й жили. Освіта в гуртожитках призвело до появи такого феномена децентралізованого університету.
Гордістю Іспанії є університет в Саламанці (1227г). Про заснування його остаточно було заявлено в грамоті короля Альфонса X в 1243 році.
У XIII столітті виникає і маса інших університетів:
1220г. - університет в Монпельє (привілеї університету отримав, правда, лише в кінці 13 століття).
1222г. - Падуанський (в результаті догляду школярів з Болоньї).
1224г. - Неаполітанський, тому що сіцілійському королю Фрідріху II потрібні були досвідчені адміністратори.
1229г. - Орлеанський, Тулузький (місцева влада спокусили школярів тим, що можна слухати забороненого Аристотеля і розраховувати на стабільні ціни на вино та продукти харчування).
Багато університетів з'явилося в 14-15 ст .:
До 1500 року в Європі існувало вже 80 університетів, чисельність яких була найрізноманітніша. У паризькому університеті в середині 14 століття навчалося близько трьох тисяч чоловік, в празькому до кінця 14 століття - 4 тисячі, в краківському - 904 людини.