Старовинна прізвище Пилипенко має багатющу історію, яка є яскравим свідченням взаємодії різних національних культур Російської держави.
Прізвище Пилипенко належить до стародавнього типу слов'янських прізвищ, утворених від хрестильних імен.
Релігійна традиція, яка утвердилась на Русі з прийняттям християнства, зобов'язувала називати дитину на честь того чи іншого святого, шанованого православною церквою. Практично всі християнські імена, що містяться в церковному календарі, були запозичені з давніх мов - грецької, латини, староєврейської. Тому вони звучали незвично для російської людини і були незрозумілі за змістом. Не дивно, що вони зазвичай «обкатувалися» живою мовою, поки не починали звучати цілком «по-слов'янськи».
Старовинне православне ім'я Філіп (від давньогрецького слова «Філіппос», що означає «люблячий коней, верхову їзду») увійшло в церковний календар - святці завдяки жив в I столітті святому Філіпу, апостолу з числа 70-ти, одному з семи перших дияконів. Іменування Філіп дуже рано ввійшло в народний побут і широко вживалося на Русі. Так, в старовинних ділових актах згадуються представники різних станів, хрещені цим ім'ям: Псковський посадник Філіп Пукишов (1480), новгородський селянин Філіп Дошка (тисячу чотиреста дев'яносто п'ять), вяземский посадский людина Філіп Дворяшкін (1626), московський гармаш Філіп Боханов (1635) і багато інших .
Не менш популярно було це ім'я і в південно-західних землях Русі, причому найбільшу популярність там придбав варіант з трохи іншим звучанням - Пилип. Так, тільки в реєстрі Запорізького Війська 1649 згадується понад сорок козаків, що носили ім'я Пилип.
За часів Київської Русі патронімічних суфікс енко у південних слов'ян означав «маленький» або «син такого-то». У XIII-XV століттях чимала частина фамільних прізвиськ, записаних на Україні, в південних землях Білої Русі і на південному заході Московської Русі, була утворена за участю цього суфікса. З цим і пов'язана поширеність прізвищ з суфіксом-енко на Україні, а також півдні Білорусії і Росії. Пізніше древній суфікс енко перестав розумітися буквально і зберігся лише в якості фамільного, а в XVII столітті прізвища на -енко стали переважати на території всієї Східної України. Так на основі народної форми хрестильне імені Пилип з'явилося прізвище Пилипенко.
Говорити про точне місце і час виникнення прізвища Пилипенко в даний момент не представляється можливим, оскільки процес формування прізвищ був досить тривалим. Після возз'єднання України з Росією в 1654 році багато українців виїхали на проживання в російські землі, в результаті чого українське прізвище Пилипенко можна зустріти в самих різних областях.
Аналіз походження прізвища Пилипенко підготовлений
фахівцями Центру досліджень «Аналіз Прізвища»