Ченці оселилися на озері Важе на початку XVI ст. коли учень великого російського святого Олександра Свірського Геннадій (пом. в 1516 г.) став жити відлюдником в цих краях. Датою виникнення монастиря вважається 1520 року в той рік чернець Никифор, покинувши свого наставника Олександра Свірського, заснував тут Задньо-Нікіфоровський Важеозерскій пустель.
У 1530 р поставили дерев'яну церкву в ім'я Преображення Господнього і спорудили келії для братії. Трохи пізніше государ Іван Васильович Грозний дарував монастирю грамоту на володіння орної землею "на всі чотири сторони по версті, опріч мохів і боліт, і брил".
Майже непомітно для історії протекла життя Нікіфоровський обителі, прихованої дрімучим лісом. Лише в Смутні часи бурхливі події не обійшли стороною і обитель. Загони литовців, спустошуючи північні межі Росії, напали і на беззахисну пустель. Відлюдники не чинили опору грабіжникам. Після того як ігумен Дорофей і сім ченців прийняли мученицьку смерть, монастир довгий час був покинутий. Збереглися лише дві старі дерев'яні церкви, каплиця і келії.
Відродити обитель здійснив батько Ісая, самітника з Коневского монастиря, що мешкають тут в 1830 р з трьома учнями.
До 1846 р число братії зросло до 22 осіб. У 1858 р звели кам'яний храм в ім'я Всіх Святих, в якому спочивали мощі засновників монастиря.
У 1885 р страшна пожежа знищила майже всі дерев'яні монастирські будівлі. Братія розійшлася по інших монастирях.
Монастир знову був відбудований з духовною і матеріальною допомогою "Всеросійського батюшки" - святого Іоанна Кронштадського. Було відновлено кам'яний храм Всіх Святих, збудований п'ятиглавий дерев'яний храм Преображення Господнього. Тоді ж з'явилися надбрамна церква, ігуменський і готельний корпусу. До початку XX в. монастир обнесли кам'яною огорожею. При ньому заробили кравецька і шевська майстерні, борошномельна млин і завод, на якому з дерева отримували скипидар, смолу і дьоготь.
Після революції обитель розділила долю багатьох монастирів. У 1920 р в ній організували радгосп. У 1935 році монастир піддався руйнуванню. Всі монастирські ікони, книги, архіви, цвинтар, братський корпус, монастирський мур, скит були знищені. На його території почалося будівництво Інтерпоселка. Преображенський храм став спортзалом, а Святодухівський - клубом. Після війни в стінах колишньої обителі розташувалися колонія для неповнолітніх злочинців і психіатрична лікарня.
