Протруювання насіння здійснюється за допомогою спеціальних машин - протруйників на відкритому майданчику, на відстані не ближче 200 м від житлових приміщень, джерел водопостачання, скотарень, місць зберігання продуктів харчування, фуражу і місць прийому їжі і води. У дощову погоду протруювання проводиться під навісом. Можна проводити протруювання і в приміщеннях, де можливо організувати ефективне провітрювання. До місця робіт не повинні допускатися сторонні особи.
При роботах по сухому протруюванню насіння обов'язково повинна проводитися захист дихальних шляхів за допомогою респіраторів з протипиловими або протигазовими патронами (в залежності від характеру отрутохімікату), на які необхідно надягати чохли з пилонепроникної тканини. Відкриті частини тіла повинні захищатися за допомогою протипилових комбінезонів, рукавиць, спец. взуття. Тривалість робочого дня при сухому протравливании 4 години, решту часу використовується на роботах, не пов'язаних з отрутохімікатами.
При вологому, напівсухому і аерозольному протравливании роботи проводяться в респіраторах з протигазовими патронами, в комбінезонах з молескіну або халатах з бавовняної тканини або з тканини з водовідштовхувальними просоченнями, гумових рукавичках і спеціальному взутті.
Вивантаження протравленого насіння з апаратів проводиться в добре пригнані до вихідного отвору справні мішки з щільного матеріалу, що не пропускає пилу препарату. Забороняється вивантаження протравленого насіння на підлогу, в ящики або відра. На мішках з цими насінням обов'язково робиться напис «Протруєно», «Отруйно». Щодня після закінчення протруювальних робіт все залишки препарату, а також звільнені залізні банки негайно повертаються на склад. Порожні банки знешкоджуються.
Забороняється також застосовувати протравлене зерно для харчових цілей після його промивання, провітрювання та інших способів очищення від сільськогосподарських пестицидів. При необхідності короткочасного зберігання протруєне насіння повинні знаходитися в мішках з щільної тканини в окремих складах для посівного матеріалу, під замком. Відповідальною особою за їх зберігання є комірник, який веде облік зберігається і відпускається зерна.
Не можна змішувати протравлене зерно з непротравленним і здавати його на хлібоприймальні пункти. Відпускати протруєне насіння для посіву можна тільки за письмовим розпорядженням голови колгоспу (директора радгоспу) або осіб, які їх заміщають, з точним зазначенням необхідної кількості протравленого насіння. Чи не використане для сівби зерно повертається на склад; воно може бути використано тільки для посіву або знищено. Після видачі протравленого насіння для посіву приміщення, що звільнилося очищають і проводиться вологе прибирання. Розсипане протравлене зерно, смешавшееся зі сміттям, ретельно змітається і спалюється або закопується в землю, про що складається відповідний акт. Перевозити протруєне насіння до місця сівби дозволяється тільки в мішках із щільної тканини.