Наявність або відсутність дефектів є одним з основних критеріїв у виборі фанери. Так як сировина, яка використовується у виробництві даного матеріалу, є природним, то існує ймовірність появи природних дефектів. Їх наявність або відсутність визначається саме якістю вихідної сировини. Крім того фанера може мати виробничі дефекти, які з'являються в результаті неповного дотримання технології випуску матеріалу.
До природних дефектів в тому числі відносять появу сучків і тріщин. Суки можуть бути шпильковими (круглі або овальні сучки діаметром до 5 мм), здоровими зрощеними з навколишнім їх деревиною, що випадають або незрослими з деревиною (більш серйозний дефект). Тріщини є критичним шлюбом, причому вони можуть бути зімкнутими (краю щільно притиснуті один до одного) або розійшлися.
Ще один вид природного дефекту - прорість. Світла прорість є зарослу в стовбурі кору і з'являється після сильних пошкоджень самого дерева. Темна прорість - особливо серйозний дефект, поява якого є неприпустимим в фанері високого ґатунку. Найбільшим шлюбом є утворення гнилі - наявність дефекту такого типу робить фанеру будь-якого сорту некондиційної.
До виробничих дефектів відносять вм'ятини й тріщини, поява пошкоджених і забруднених поверхонь, добутий крізь шари шпону клей. Фанера, має негладку лущення, також є некондиційної. Виробничий брак може бути як явним, так і прихованим, причому приховані дефекти фанери можна визначити тільки при наявності спеціального обладнання.
До явних дефектів відносять неправильне шліфування, яке може виявлятися або в сошліфовиваніє, або в недошліфовиваніі листа. З'являється такий шлюб через неправильне обтиску при шліфуванні, а також внаслідок того, що товщина листа на різних його ділянках виявляється неоднаковою.
Через погану якість шліфувальної стрічки, а також при недостатньому робочому тиску в процесі шліфування може з'являтися такий шлюб, як грубе шліфування. Даний дефект добре видно неозброєним оком і є досить серйозним. Якщо фанера обробляється зношеної шліфувальною стрічкою, то на аркуші матеріалу може утворюватися «загар». Зовні він виглядає як чорні плями на листі фанери. Даний дефект вказує на наявність порушень в самій структурі матеріалу і також є дуже серйозним.
Всі інші дефекти (ті, що не видимі неозброєним оком) вважаються прихованим браком. Так якщо у виробництві використовується неякісний клей, фанера виявляється бракованою. Зовні вона може виглядати як матеріал, який не має дефектів. Тим часом, її експлуатаційні характеристики виявляються порівняно низькими: така фанера не є довговічною або міцною.
Аналогічні наслідки мають і інші порушення виробничої технології, такі, як недостатня просушка сировини або недотримання температурного режиму при склеюванні шпону. В результаті фанера може стати ламкою, почати розшаровуватися або кришитися. Такий матеріал вже не може використовуватися у виробництві будівельних або опоряджувальних робіт. Через низьку якість сфера його застосування виявляється вельми обмеженою.
Таким чином, для того, щоб бути впевненим в тому, що заплановані роботи будуть виконані на належному якісному рівні, необхідно з підвищеною увагою підходити вибору фанери, ретельно контролюючи наявність як природних, так і виробничих дефектів. Вибір фанери набуває особливого значення, адже від того, наскільки якісним буде куплений матеріал, безпосередньо залежить якість будівництва або обробки.