Щоб зібрані насіння соняшнику зберігалися тривалий час і при цьому не втрачали своєї якості, необхідно забезпечити їх постійну вентиляцію. Якщо насіння зберігаються в правильних умовах, а їх засміченість не перевищує 2%, їх можна зберігати протягом 3-6 місяців. Але такий термін зберігання можливий тільки в тому випадку, якщо перед закладкою насіння перебували в приміщенні з температурою до 10 градусів.
Для зберігання насіння використовують чисті і сухі приміщення, які обов'язково проходять знезараження. Тут їх складають в тканинні мішки, які укладають на дерев'яні піддони в 6 рядів. Насіння, які будуть використовуватися для промислових цілей, зберігаються насипом на спеціальних складах або елеваторах.
При сушінні соняшнику необхідно строго додержіваться правил протипожежної безпеки, так як ця культура при сушінні може викликати пожежу. Справа в тому, що волокна, які знаходяться на лушпинні насіння, в результаті тертя обсипаються і починають парити в повітрі, підвищуючи ризик пожежі.
Якщо в зібраних насінні соняшнику є багато сміття, перед їх зберіганням необхідно провести спеціальну обробку, завдяки якій буде знижений ризик захворюваності. Також важливе значення в зберіганні має ретельне очищення обладнання і тари для зберігання насіння, обробка самого зерна перед зберіганням і контроль за відсутністю шкідників.
При зберіганні потрібно стежити, щоб зверху бункера не було конусоподібних і пікоподібних утворень, адже в більшості шкідники і волога збираються в таких місцях. Якщо насіння соняшнику будуть використовуватися в харчовій промисловості, необхідно обробляти їх з великою обережністю. Також таке насіння не повинні бути пошкоджені шкідниками.