Володар прізвища Агафонов по праву може пишатися своїми предками, відомості про яких містяться в різних документах, що підтверджують слід, залишений ними в історііУкаіни.
Після 988 р кожен слов'янин під час офіційної церемонії хрещення отримував від священика хрестильне ім'я, яке служило тільки одній меті - забезпечити людину особистим ім'ям.
Основою прізвища Агафонов послужило церковне ім'я Агафон. Нерідко стародавні слов'яни до імені новонародженого приєднували ім'я його батька, позначаючи тим самим приналежність до певного роду. Пов'язано це з тим, що хрестильних імен було порівняно небагато, і вони часто повторювалися. Доповнення ж до імені людини у вигляді по батькові допомагало вирішувати проблему ідентифікації.
Прізвище Агафонов утворена від імені Агафон / Агапон / Гапон, що з грецької перекладається як «благої, добрий, благородний». На Русі був відомий Преподобний Агафон Єгипетський, який трудився в Скитської пустелі в Єгипті. Він відрізнявся незвичайним смиренням, вважаючи себе самим грішним з людей. Преподобний Агафон преставився близько 435-го року. Як оповідає легенда, три дні перед смертю святий сидів мовчки і зосереджено, наче вдивляючись у щось. На здивоване запитання ченців він відповів, що бачить себе на Суді перед Христом. Отроки запитали його: «Невже і ти, отче, боїшся суду?» На що Агафон їм відповів: «Одна справа суд людський, а інша справа суд Божий». Після цих слів святий відійшов до Господа.
Шанували на Русі і преподобного Агафона Печерського. Він трудився в Києво-Печерському монастирі в ХIII-ХIV-му століттях. Преподобний Агафон був цілителем хвороб і мав дар пророцтва, він навіть заздалегідь знав день своєї кончини. Його мощі спочивають у Дальніх печерах Києво-Печерського монастиря.
Уже в XV-XVI століттях в середовищі багатих людей починають закріплюватися і передаватися з покоління в покоління прізвища, що позначають приналежність людини до конкретної сім'ї. Це були присвійні прикметники з суфіксами -ов / -ев, -ін, від початку що вказують на ім'я глави сімейства. Таким чином, нащадки людини, що володів ім'ям Агафон, з часом отримали прізвище Агафонова.
Про точне місце і час виникнення прізвища Агафонов в даний час говорити складно, оскільки процес формування прізвищ був досить тривалим. Проте, прізвище Агафонов є чудовий пам'ятник слов'янської писемності і культури.
Джерела: Словник сучасних українських прізвищ (Ганжіна І.М.), Енциклопедія українських прізвищ. Таємниці походження та значення (Ведін Т.Ф.), українські прізвища: популярний етимологічний словник (Федосюк Ю.А.), Енциклопедія українських прізвищ (Хигир Б.Ю.), українські прізвища (Унбегаун Б.О.).
Аналіз походження прізвища Агафонов підготовлений
фахівцями Центру досліджень «Аналіз Прізвища»