Історію Гнилецького монастиря реконструювали митрополит Євгеній (Болховітінов) (він висунув тезу про виникнення монастиря після подвигів прп. Феодосія: Опис Києво-Печерської Лаври, 1826), професора КДА Іван Максимович і Петро Лашкарьов, ректор Київського Університету Михайло Максимович, археолог Тимур Бобровський (Гнилецький монастир - безлюдно-подвижницьку і господарський скит Лаври, що повторив в кін. XI - XII ст. її шлях розвитку з печерної обителі в наземну і запустевшей через руйнувань Києва в XIII-XV ст.), свт. Філарет (Гумілевський) (обгрунтування факту подвижництва в Гнилецьким монастирі прп. Герасима Вологодського, † 1178: вологодська рукопісьXVII в. Про чудеса на могилі прп. Герасима називає місцем його постригу до 1147 р Глушенскій монастир в Києві, але вчений вважав це помилкою переписувача, а професор КДА Микола Петров - варіантом назви Гнилецького монастиря, похідним від довколишнього оз. Глушець), археолог Віктор Харламов (графічна реконструкція і датування кам'яної церкви Гнилецького монастрия кордону XII-XIII ст.).
У 2-й пол. XVIII - поч. XIX ст. пам'ятники Гнилецького монастиря залишалися відомими деяким киянам і жителям округи, але його історія була частково забута. У літературі сер. XIX ст. згадується про написи, залишених в печерах відвідувачами XVIII в. Акти Видубицького монастиря 1768 р приписують братії Лаври довільне найменування печер урочища «Антонієвими», хоча ця назва могло з'явитися і в результаті помилкової асоціації Гнилецьких печер у навколишніх жителів з ім'ям прп. Антонія Печерського - родоначальника печерного чернецтва на Русі і засновника Лаври; по крайней мере, в рукописному описі Київщини 1785 року з урочищем пов'язаний переказ перекази з «Патерика» з заміною імені прп. Феодосія на прп. Антонія, а на поч. XIX ст. навколишні мешканці називали один з Гнилецьких водних ключів «Антонієвим колодязем» .Сведенія про те, що розташовані близько печер руїни є залишками церкви Гнилецького монастиря, поступово зникали з офіційних документів, але закріплювалися в усній традиції; так, опис 1785 р говорить: «На оной горі, де отої печери складаються, цього дня, що, звичайно, на неї складався монастир або містечко в давні часи, тому що і нині видно ж як цеглини, так і кам'яного неськолко фундаменту» ; на поч. XIX ст. «Знайдені в землі залишки церковного кам'яного будинку: навколишні жителі називають це місце Церковищем і кажуть, за переказами, що тут колись був монастир». У 1819 р Київське губернське правління мало намір «печеру ... опинилася на спустошення та на вельми зручно до укриття бродяг, і навіть самих розбійників, знищити», але Духовний Собор Лаври, відповідаючи на запит про юридичну приналежності урочища (не входить воно до складу лаврських угідь) , рекомендував: «до неї особливо мало б мати повагу ... бо в неї мав перебування ... батько наш Феодосій Печерський». У 1826 і 1 831 рр. про печеру і Гнилецьким монастирі згадав у своєму «Описі» Лаври митрополит Євгеній (Болховітінов).
Тяжке становище скиту спонукало о. Мануїла нанести в 1903 р візит в Тамбов до єпископа Димитрія, в Кронштадт - до св. прав. Іоанну Кронштадтському, і в Гетсиманський скит Свято-Троїце-Сергієвої Лаври - до прп. Варнава (Меркулову); всі вони переконували гостя потерпіти тимчасові позбавлення і не залишати «Церковщину». Повернувшись, ієромонах Мануїл знайшов комори скиту опечатаними: священноначалля Братського монастиря вважало, що будівельник виїхав назавжди. За цих обставин о. Мануїл став готуватися до нового від'їзду (до Чернігова, куди його запрошував єп. Антоній), але, побачивши уві сні свого вчителя прп. Йону Київського († 1902), який обіцяв допомогу, - вирішив залишитися; незабаром почали надходити пожертвування, яких вистачало на поточні витрати; згодом подібні бачення і пророцтва прп. Іони про допомогу повторювалися неодноразово. У 1904 р в скиту був побудований ще один будинок. Це дозволило перерозподілити використання приміщень і збільшити число готельних кімнат.
Переломним моментом у розвитку «Скиту Пречистої» стало завершення основних робіт в печерах: розчищення древніх ділянок, зміцнення їх цеглою в обвалонебезпечних місцях, благоустрій підземної церкви для регулярних богослужінь, - тобто виконання завдання, офіційно заявленої ще під час заснування скиту. Тріумфальним підсумком названих заходів стало освячення 21 Серпня. 1905 р печерної церкви в ім'я прп. Феодосія Печерського. До 1908 р скит звів ще ряд житлових і господарських споруд, вів зразкове самостійне господарство (сад, город, обори), проклав водогін (живиться місцевими ключами), мав ремісничі і іконописну майстерні, прийняв на виховання багатьох хлопчиків-сиріт. Статут для «Скиту Пречистої» був запозичений з Іонинській обителі.
З 1906 р скит ніс шефство над пам'ятником Хрещення Русі (див. Вознесенський Флорівський жіночий монастир), з 1907 р за вказівкою Київського єпархіального управління (куди з відповідним проханням звернулися жителі м Умані та його околиць) керував пристроєм монастиря в с. Кочержинці Уманського повіту, який мав 2 садиби в статусі «відділень Скиту Пречистої», з 1909 р володів садибою в Києві на Печерську, у 1913 г. - мав у своєму віданні каплицю Ікони Пресвятої Богородиці «Несподівана Радість» (не збереглася) при Київському релігійно-просвітницькому товаристві (на вул. Великій Житомирській, 7), з 1916-1917 рр. - володів садибою в київському передмісті Деміївці. Крім будівельника Мануїла, зведеного в 1912 р в сан ігумена, братію скиту становили в 1915 р понад 160 чол.
Храм свт. Миколи Мірлікійського
Відомі як Гнилецькі, Пироговські, «печери Хутори Вільного», «печери у с. Лісники ». Копалин в лесових (піщано-глинистому) грунті, об'єднані в 2 комплексу - Основний (Південний, «Феодосієва печера») і Північний ( «Гадючеярскій»). Основний комплекс - лабіринт довжиною ок. 370 м і навколишні його окремі печери в мисовідном лесових останці, що утворює північний схил гирла урочища; Північний комплекс - група печер в продовженні мису, відділеному від останця западиною з боку долини Дніпра.
Значна сумарна протяжність Гнилецьких печер, їх многоярусность, складна структура лабіринту Основного комплексу, збереження і доступність огляду в ньому широкого розмаїття всіх функціональних типів приміщень (храмових, житлових, господарських і похоронних) давньоруського підземного монастиря (церква прп. Феодосія і великий незакінчений храм поч. ХХ ст. з лесових стінами і склепінням в південній частині лабіринту, келії з лежанками і молитовним нішами, земляними сідницею і «самітницький» входами, господарські ями різних розмірів і форм, похоронні крипти декількох видів і кімітірії з нішами для «глав»), - ставлять даний церковно-археологічних пам'ятник в розряд унікальних, роблять його наочною ілюстрацією до багатьох літописним епізодам первісної історії Лаври (тоді як в лаврських печерах інтер'єр доступних для огляду ділянок був значно змінений в XVII-XIX ст.). Іван Максимович назвав Феодосієві печери урочища «Чудово» з чернечих печер, що збереглися в київській окрузі за межами Лаври.
«Церковищем»
Розташоване у верхній частині урочища, біля головного корпусу лікарні, в 250 м на північний захід від Основного комплексу печер, утворюючи з ними і Свято-Миколаївським храмом тріаду пам'ятників Гнилецького монастиря і «Скиту Пречистої». В даний час «Церковищем» являє собою прямокутну в плані рівну паркову майданчик, під якою знаходяться законсервовані фундаменти кам'яної давньоруської Пречистенською церкви. У 1899 р Петро Лашкарьов писав: «Місце, на якому стояла вона, представляється в усіх напрямках подзьобаним і виділяється тільки купами будівельного щебеню, якими покрито. Роблені нами у свій час спроби наслідити, по крайней мере, фундамент стародавнього будівлі виявилися безуспішними. Крім переритого шукачами скарбів з навколишніх сіл цегляного брухту і перемішаних з землею цементу і кісток, ми не зустріли ніякої ». При копанні в 1900 р ровів під фундамент храму Різдва Пресвятої Богородиці професор КДА В.Завітневіч знайшов тут поливні плитки від статі, фрагменти фрескового штукатурки, «багато людських кісток, але без трун і без слідів похоронних ям. Кістки ці, при уважному вивченні їх положення, не виробляють, проте ж, враження випадково набросанного сміття: здебільшого це більш-менш цілісні кістяки, яким бракує лише деяких частин ... знаходять тут же по сусідству. Взагалі, спостерігач виносить таке враження, що ці кістки належать людям різної статі і віку, які загинули під час якоїсь катастрофи, правдоподібніше за все війни ». Частина предметних знахідок була поміщена в спеціальній вітрині в притворі церкви Різдва Пресвятої Богородиці, інша частина - передана в Церковно-археологічний музей КДА.В 1925 р директор лаврського музею П. Курінний і археолог В.Ляскоронський провели розкопки біля вівтаря і західної стіни церкви Різдва Пресвятої Богородиці, виявивши давньоруські будівельні матеріали, фрагменти фресок, металевого сплаву, керамічного і скляного посуду, що лежать на значній глибині в положенні на спині без трун (та інвентарю) і орієнтірова ні на захід людські скелети (деякі належали людям молодого віку), а також кістки тварин (останні були виявлені тільки у західній стіни). Все р. ХХ ст. храм був разобран.В 1976 р археолог В. Харламов виявив, а в 1980 р повністю розкрив і досліджував фундамент давньоруської церкви. Майже квадратний план фундаментів з виступаючою на схід апсидою, залишки 4 внутрішніх опорних стовпів, наявність характерною для кін. XII в. малоформатної плінфи в якості основного будівельного матеріалу, відсутність внутрішніх стрічкових фундаментів, залишки профільованих пілястр, мала ширина бічних нефів говорили про приналежність будівлі до типу однокупольних церков, характерних для російського зодчества кордону XII-XIII ст. Невеликі розміри храму (10,4 х 9,6 м) підтверджували його скитський статус при Лаврі. У поч. XXI ст. на консервирующей фундаменти майданчику силами монастиря встановлено гранітний хрест; в храмовий день (21 сент.) до нього відбувається хресний хід (з молебнем).