Антигенні властивості грибів в порівнянні з багатьма бактеріями менш виражені, тому напруженість імунної відповіді при грибкових захворюваннях (мікозах) відносно невисока.
В даний час визнано, що при мікозах основні захисні механізми забезпечуються клітинними факторами і менше гуморальними. Неспецифічні тканинні реакції на присутність грибкового антигену, що перешкоджають проникненню патогенного гриба в органи і тканини, проявляються у вигляді розвитку епітеліоподібно гранулематозной реакції, фагоцитозу, іноді тромбозу кровоносних судин за рахунок дії грибкових протеаз, що забезпечують прискорення реакцій згортання крові.
При вроджених і набутих імунодефіцитних станах імунну відповідь не повноцінний або зовсім не ефективний. При цьому збільшується небезпека виникнення мікозів, що викликаються умовно-патогенними грибами. Наприклад, при лейкозі можливий розвиток аспергиллеза, при лімфомі і СНІД криптококкоза, при дісгаммаглобулінемія кандидозу і т.д.
У випадках контакту грибкового антигену з клітинними компонентами імунної системи при мікозах розвивається реакція гіперчутливості уповільненого типу (ГЗТ), що виявляється через 10 - 14 днів після зараження. У складі антигенів різних патогенних (так само як і багатьох непатогенних) грибів є подібні детермінанти, що знижують специфічність алергічних проб, які використовуються для діагностики грибкових захворювань.
Титри антитіл (IgG, IgM) при мікозах, як правило, невисокі. У сироватках крові здорових індивідуумів можна виявити нормальні антитіла проти деяких грибів. Наприклад, до 6-8% зразків донорської крові можуть містити протівокандідозной антитіла в титрах до 1:10. Це, як правило, обумовлюється постійною присутністю дріжджоподібних грибів роду Candida в складі нормальної мікрофлори у частині здорових людей. Підвищений рівень антитіл класу Е має місце при респіраторної грибкової алергії, а секреторних антитіл класу А при кандидозних вагінітах.
З впровадженням різних біотехнологічних процесів у виробництво, що використовують гриби як продуцентів біологічно активних речовин, зростає небезпека виникнення професійних мікозів і особливо алергічних захворювань на тлі респіраторної сенсибілізації людей спорами і фрагментами міцелію грибів Aspergillus, Candida, Fusarium, Mucor, Penicillium і ін. Так, при утриманні в 1м 3 повітря виробничих приміщень до 15 млн. грибних спор працюють там люди за 6 год вдихають до 170-200 млн. суперечка, що призводить до алергічних захворювань.