Гідроїдні медузи влаштовані набагато складніше, ніж гідроїдних поліпів.
Від внутрішнього центру парасольки звисає ротовий хоботок з ротом на кінці. Краї рота можуть бути гладкими або забезпечені чотирма торочкуватими ротовими лопатями. У деяких гідромедуз по краях рота сидять маленькі булавоподібні ротові щупальця. Рот веде в шлунок, що займає всю порожнину ротового хоботка, від шлунка до периферії парасольки відходить чотири (зрідка більше) радіальних каналу. На краю парасольки медузи вони впадають в кільцевої канал.
Вся ця система в сукупності, тобто шлунок, канали, носить назву гастроваскулярной системи.
По краю парасольки медуз розташовуються щупальця і органи чуття. Щупальця служать для дотику і лову видобутку, вони густо засаджені жалкі клітини. Частина щупалець може бути видозмінена в особливі чутливі органи. Так, в однієї групи медуз (трахилид) щупальця видозмінюються в органи рівноваги. Таке щупальце сильно укорочені і сидить, як би на тонкому стеблі. На його кінці розміщується вапняне зернятко - статоліт (орган рівноваги). Зовні щупальце оточене довгими чутливими волосками. Коли тіло медузи нахиляється, щупальце під дією сили тяжіння залишається висіти прямовисно і при цьому стосується чутливих волосків, які передають роздратування через нервову систему до епітеліально-м'язових клітин, що викликає скорочення їх м'язових волокон і тіло медузи вирівнюється в просторі.
Рух медузи здійснюється завдяки скороченню м'язових волокон на краю парасольки. Виштовхуючи воду з порожнини парасольки, медуза отримує реактивний поштовх і рухається верхньою стороною парасольки вперед.
У гідромедуз групи лептолид статоцисти відсутні або влаштовані у вигляді бульбашки, всередині якого знаходяться один або кілька статолітів, а стінки покриті чутливими клітинами. Статоліти лептолид несуть ту ж функцію, як і статоліти трахилид.
Деякі гідромедузи мають світлочутливі органами - очима, які завжди розташовані на підставі щупалець і добре помітні завдяки темної забарвленням. Вічко складається з двох родів клітин - світлочутливих і пігментних, тобто що несуть в собі барвник. Завдяки наявності пігментних клітин, світло падає на світлочутливі клітини тільки з одного боку. Світлове подразнення передається світлочутливими клітинами нервової системи медузи.
Очки мають вигляд плям або ямок. У найбільш складно влаштованих очках порожнину ямки заповнена прозорою речовиною, яка виконує роль кришталика.
У зв'язку зі свободноподвіжних способом життя гідромедуз їхня нервова система розвинена незрівнянно вище, ніж у гідрополіпів. Хоча нервове сплетіння має також вид мережі, але на краю парасольки нервові клітини накопичуються дуже густо і утворюють два кільця.
Одне з них (зовнішнє) чутливе, інше (внутрішнє) - рухове. Чутливе кільце проходить поблизу підстав щупалець, статоцистов, вічок і сприймає отримані від них роздратування. Рухове кільце лежить в основі вітрила, де зосереджена велика кількість м'язових волоконец, які і управляються рухових нервових кільцем медузи.
Медузи роздільностатеві, їх статеві залози розташовуються або в ектодермі ротового хоботка, або в ектодермі парасольки під радіальними каналами. Тут вони найближче до живильних речовин, необхідним для розвитку статевих продуктів.
Будова клітин ектодерми і ентодерми медуз таке ж, як і у поліпів, проте мезоглея розвинена незрівнянно сильніше. Вона багата водою і має драглистий характер, завдяки чому гідромедузи дуже прозорі, багатьох, навіть досить великих, медуз важко побачити в воді. Особливо сильно мезоглея розвинена в парасольці медузи.