Залежно від того, які джерела інфекції патогенної мікрофлори викликали інфекцію ран (тканин), порожнин і всього організму, вона може бути екзогенної (переважно) і ендогенної (рідко). Екзогенна мікрофлора вегетирует на поверхні шкіри і слизових оболонок людини, знаходиться на предметах навколишнього середовища, в повітрі, ендогенна - гніздиться в організмі самого хворого (в мигдалинах, уражених карієсом зубах і навколозубних кістах, гранулемах і свищах, фурункулах, в лімфатичних вузлах і судинах, в осередках епідермофітії, в жовчних ходах, бронхах і т. д.). Екзогенна інфекція підрозділяється на повітряну, краплинну і контактну.
Забруднення повітря патогенною мікрофлорою буває первинним (надходження в операційні і перев'язувальні блоки забрудненого мікробами повітря, в тому числі і виділяється при диханні) і вторинним (занесення мікрофлори контактним шляхом, тобто через забруднені предмети, одяг, взуття, волосся і т. Д.) . Загальний обсяг мікробного забруднення повітря складається з первинного і вторинного.
До технічних засобів профілактики повітряної інфекції відносяться: попередження накопичення статичної електрики на апаратах і на одязі людей, аспірація з-під столів операційних повітря; подача в операційну стерильного повітря в ламінарних потоках.
У профілактиці повітряної інфекції важливу роль відіграють простота інтер'єру операційної, відсутність в ній зайвих кутів, щілин, непотрібних меблів і приладів. Стіни та підлога операційної повинні бути покритими олійною фарбою. Ризик повітряно-крапельної інфекції зменшується при скороченні часу операції, попередженні висихання тканин і їх зайвої травматизації. Профілактика контактної інфекції проводиться шляхом правильної організації роботи в операційній та перев'язочній: раціональна послідовність проведення операцій (від більш чистих до менш чистим); періодична обробка рук; зміна рукавичок та білизни в ході операції; аподактильної (за допомогою інструментів, без дотику до тканин пальців) робота. Введення зондів в шлунок і виведення їх, а також дезінтубацію повинні проводити за межами операційної (в передопераційної).