Щітоязичная кіста може бути розміщена в будь-якій ділянці на шляху міграції щитовидної залози, але не дивлячись на це, завжди розташовується близько і чи на серединній лінії шиї. Як видно з назви, кіста є залишком щітоязиногго протоки. Хоча близько 50% цих кіст розташовано близько або відразу під тілом під'язикової кістки, їх можна також знайти близько підстави мови або щітовідног хряща. Іноді щітоязичная кіста повідомляється із зовнішнім середовищем за допомогою каналу - щітоязичной фістули. Така фістула зазвичай виникає вдруге, після прориву кісти, але може існувати і при народженні.
Аберрантним щитовидну тканину можна знайти де завгодно уздовж шляху опускання щитовидної залози. Переважно її знаходять в основі мови, відразу після сліпого отвору, і вона може пошкоджуватися тими ж патологічними процесами, що і сама заліза. У деяких випадках порушення процесу міграції закладки щитовидної залози в каудальному напрямку призводить до розвитку всього органу або його частини краніальніше місця нормального розташування. Так, мовний щитовидна залоза розвивається в тих випадках, коли частина медіального зачатка дає початок тиреоїдної тканини в області початкової закладки органу. Зрідка в мовній залозі зосереджена вся функціонально активна тканину органу. У таких випадках її секреторна діяльність може бути достатньою або недостатньою для забезпечення нормального метаболічного (еутиреоїдного) стану.
Частою ембріональної аномалією щитовидної залози є розвиток вираженої пірамідальної частки, що тягнеться краніальної до нижнього краю під'язикової кістки. У частині випадків зберігається своєрідний проток, що з'єднує щитовидну залозу зі сліпим отвором; в ході нормального розвитку цей епітеліальний тяж піддається повному або переважного руйнування. Рідше вся щитовидна залоза або її частина спускається каудальнее нормального розташування і виявляється в середостінні або входить в контакт з перикардом. Описаний випадок розташування тиреоїдної тканини в міжшлуночкової перегородки серця. У деяких осіб при посиленому розвитку додаткової тиреоїдної тканини основна щитовидна залоза може бути відсутнім або залишатися недорозвиненою, у інших є як нормальна заліза, так і ектопічна тиреоидная тканину. У патологічних умовах ектопічна тканина щитовидної залози може розростатися, даючи незвично розташований зоб, а в деяких випадках - свищі, кісти і пухлини. Тому знання її можливої топографії має велике клінічне значення.