Згідно із затвердженим Порядком, судновий журнал зберігається на судні протягом двох років з дня внесення до нього останнього запису. Після закінчення зазначеного терміну судновий журнал передається на зберігання до органу, в якому зареєстровано судно. Даний орган забезпечує зберігання суднового журналу не менше ніж десять років.
Органом, в якому зареєстровано судно, при отриманні на зберігання суднового журналу враховується наступна інформація:
дата здачі на зберігання суднового журналу;
прізвище, ім'я, по батькові особи, що здає на зберігання судновий журнал, і дані, що засвідчують його особу;
прізвище, ім'я, по батькові та посада особи, яка прийняла на зберігання судновий журнал;
назва та ідентифікаційний номер Міжнародної морської організації (ІМО) судна, судновий журнал якого передається на зберігання;
порядковий номер, присвоєний судновому журналу;
обліковий номер суднового журналу, дата його початку і закінчення;
кількість аркушів в судновому журналі.
Перераховані вище інформація оформляється на паперових носіях та / або в електронному вигляді.
Органом, в якому зареєстровано судно, окремо для кожного судна, судновий журнал (суднові журнали) якого передається на зберігання, враховується порядковий номер кожного зданого на зберігання суднового журналу із зазначенням дати початку та дати закінчення судового журналу.
Суднові журнали зберігаються відповідно до порядковими номерами.