Достоєвський у своєму романі зображує зіткнення теорій з логікою життя. На думку письменника, саме ця логіка життя завжди спростовує, робить неспроможною будь-яку теорію, і саму передову, і саму злочинну. Тобто життя не може проходити по теорії. І тому головна філософська думка роману розкривається не в системі логічних доказів і спростувань, а як зіткнення людини (тобто Раскольникова), одержимого теорією, з життєвими процесами, що спростовують цю теорію.
Теорія Раскольникова про можливість стояти над людьми ( «Хто я: Наполеон або тварина тремтяча?»), Зневажаючи всі їхні закони, побудована у своїй основі на нерівності людей, на вибраності одних і приниженні інших (треба відзначити, що тема «принижених і ображених» пройшла через усю творчість Ф. М. Достоєвського і навіть один з романів носить назву «Принижені і ображені»). Вбивство старої лихварки було задумано Раскольниковим як життєва перевірка своєї теорії на приватному прикладі. Злочин, який він зробив, - це низька і підлу справу.
Разумихин, Дуня, Порфирій Петрович, а більше всіх Соня Мармеладова - всі вони підштовхують Раскольникова до думки про неправильність, антигуманність його теорії. Але найбільшу роль в розвінчанні «наполеонівської» теорії Раскольникова зіграла, звичайно ж, Соня Мармеладова.
Раскольников був першою людиною, яка віднеслася до Соні із щирим співчуттям, прийняв її як «пристойну» панночку, посадив поруч зі своїми рідними. Тому і не видається дивною та пристрасна відданість, який відповіла йому Соня. Вона не розуміла, чим може бути цікава для такої людини, як Раскольников. Їй, звичайно ж, не спадало на думку, що Раскольников бачить в ній майже такого ж злочинця, як і він сам: обидва вони, на його думку, вбивці; тільки якщо він убив стару лихварки, то вона зробила, може бути, навіть більш страшний злочин - убила саму себе і тим самим прирекла себе на самотність серед людей.
Саме в розмовах з Сонею Раскольников починає сумніватися у своїй теорії. Йому хочеться отримати відповідь на твердження, чи можна жити, не звертаючи уваги на страждання, муки і загибель інших.
Раскольников скоїв злочин свідомо, що найбільш страшно, знехтувавши свою людську натуру. Убивши стару лихварки, Раскольников перевів себе в розряд людей, до якого не належать ні «квартальні поручики», ні Разумихин, ні сестра, ні мати, ні Соня. Він відрізав себе від людей «як ніби ножицями». Його людська натура не приймає цього відчуження від людей. Раскольников починає розуміти, що навіть така горда людина, як він, не може жити без спілкування з людьми. Тому його душевна боротьба стає все більш напруженими і заплутаніше, вона йде по безлічі напрямків, і кожне з них спричиняє глухий кут. Раскольников поки як і раніше вірить у непогрішність своєї ідеї і нехтує себе за слабість, раз у раз називає себе негідником. Але в той же час страждає від неможливості спілкування з матір'ю і сестрою, думати про них йому так само болісно, як думати про вбивство Лисавета. І він намагається не думати, бо якщо він почне про них думати, то неодмінно повинен буде вирішити питання, куди ж їх віднести по своїй теорії - до якого розряду людей. За логікою його теорії вони повинні бути віднесені до «нижчого розряду», до «тварям тремтячим», і, отже, сокира іншого «незвичайного» людини може обрушитися на їхні голови, а також на голови Соні і Катерини Іванівни. Раскольников, по своїй теорії, повинен відступитися від тих, за кого страждає, повинен зневажати, ненавидіти тих, кого любить. «Мати, сестра, як люблю я їх! Чому тепер я їх ненавиджу? Так, я їх ненавиджу, фізично ненавиджу, біля себе не можу виносити ... »У цьому монолозі дійсно виявляється весь жах його становища: його людська натура тут найбільш гостро зіткнулася з його нелюдською теорією. Відразу після цього монологу Достоєвський дає сон Раскольникова: той знову вбиває стару, а вона сміється над ним. Ця сцена оголює весь жах діяння Раскольникова. Нарешті, Раскольников не витримує і відкривається Соні Мармеладової. Відбувається зіткнення їх ідей, кожен з них уперто стоїть на своєму: Раскольников стверджує, що справжній чоловік має право ігнорувати моральні підвалини суспільства; Соня ж не менше вперто стверджує, що немає такого права. Його теорія приводить її в жах, хоча з самого початку вона була охоплена гарячим співчуттям до нього. Раскольников, страждаючи сам і змушуючи страждати Соню, все ж сподівається, що вона запропонує йому який-небудь інший шлях, а не явку з повинною. «Соня ж являла собою невблаганний вирок, рішення без зміни. Тут - або її дорога, або його ». Раскольников йде з повинною.
Раскольников був засланий до Сибіру. Вирок, проте ж, виявився милостивіше, ніж можна було очікувати, судячи з вчиненого злочину, і, може бути, саме тому, що він не тільки не хотів виправдовуватися, але навіть як би виявив бажання сам ще більш звинуватити себе.
Завдання Ф. М. Достоєвського полягала в тому, щоб показати, яку владу над людиною може мати ідея і якою страшною буває сама ідея. Ідея героя про право обраних на злочин виявляється абсурдною і помилковою. Життя перемогла теорію, хоча Раскольников соромився саме того, що він, Раскольников, загинув так безглуздо і нерозумно, по якомусь вироком сліпої долі, і повинен змиритися, підкоритися «нісенітниці» безглуздого вироку, якщо хоче скільки-небудь заспокоїти себе.