Класифікація рослин і саме визначення останнього терміну в ході розвитку ботаніки постійно переглядалися. В середині минулого століття всі рослини було прийнято ділити на тайнобрачние (кріптогами) з "невидимими" статевими органами і явнобрачних (фанерогами), у яких репродуктивні структури добре помітні. До тайнобрачних відносили папороті, мохи, водорості і гриби, тобто організми, що не утворюють насіння, а до явнобрачних - насіннєві види. Зараз така система вважається занадто грубою і штучною.
У перші десятиліття 20 ст. розширення знань про родинні зв'язки рослин привело до виділення чотирьох їхніх головних груп: Thallophyta (талломние, слоевцовие, або нижчі рослини), Bryophyta (моховидні), Pteridophyta (папоротніковідние) і Spermatophyta (насіннєві). Група нижчих рослин об'єднувала бактерії, водорості і гриби - організми з талломом, або слоєвіщем, тобто тілом, що не розчленованим на корені, стебла і листя. До моховидна були відноситься печеночники і листостеблових мохи. У них теж немає справжніх коренів, стебел і листя, але від нижчих вони відрізняються насамперед тим, що розвиток зародка з заплідненої яйцеклітини відбувається у них в особливому жіночому органі на рослині, а не в навколишньому середовищі. У папоротніковідних, тобто папоротей, хвощів, плаунів і близьких форм, є не тільки справжні корені, стебла і листя, а й особлива проводить (судинна) система, що складається зі спеціалізованих судин ксилеми і флоеми. Однак насіння ці рослини не утворюють. Насінні, також володіють справжніми коренями, стеблами, листям і судинними тканинами, діляться на голонасінні (наприклад, хвойні), не утворюють квіток, і покритонасінні (квіткові).
Сьогодні і ця система визнається незадовільною. Деякі ботаніки прагнули вдосконалити її, розділивши всі рослини на ембріофіти (Embryophyta), що утворюють зародок всередині батьківського організму (моховидні, папоротніковідние, насінні), і позбавлені такої особливості нижчі рослини (бактерії, водорості, гриби). Інші вчені запропонували потрійний розподіл царства рослин - на судинні (папоротніковідние і насіннєві), або Tracheophyta, нижчі (бактерії, водорості, гриби) і моховидні (мохи та печеночники). Однак і ці системи визнані неспроможними.
В даний час отримала визнання система багатьох царств. Бактерії, водорості і гриби рослинами (тобто представниками царства рослин) більше не визнаються. Перших (разом з синьо-зеленими водоростями, яких тепер називають ціанобактеріями) або виділяють в одне царство Monera, або розподіляють між царствами Archaebacteria і Eubacteria. Інші водорості, включаючи одноклітинні, а також ряд відносно близьких до них за будовою організмів, складають царство протистов (Protista). Особливу царство Fungi утворюють гриби. Хоча по ряду ознак вони і нагадують рослини, багато їх типові представники, як показує вивчення ДНК, ймовірно, ближче до тварин.
Те, що в результаті залишається від царства рослин (Plantae), різні фахівці поділяють на 5-18 великих груп. Збільшення їх числа частково викликана цілком правомірною відмовою від визнання судинних рослин (Tracheophyta) природним таксоном: тепер кожна їх група вважається самостійним відділом.
У сучасній системі відділ - другий за ієрархічним рангу таксон після царства (у тварин і протистов йому відповідає "тип"). Раніше вважалося, що багато хто з відділів більш-менш лінійно відбуваються один від іншого і відповідають послідовним етапам еволюції, але зараз їх розглядають просто як групи рослин, схожих за будовою і особливостям розмноження форм, не обов'язково походять від одного предкового виду іншого відділу. Таким чином, хоча цей таксономічний ранг і відображає суттєві відмінності між організмами, колишнього еволюційного змісту йому вже не приписують.
Перераховані нижче типи царства протистов традиційно відносять до рослин.