Класифікація рослин і саме визначення останнього терміну в ході розвитку ботаніки постійно переглядалися. В середині минулого століття всі рослини було прийнято ділити на тайнобрачние (кріптогами) з «невидимими» статевими органами і явнобрачних (фанерогами), у яких репродуктивні структури добре помітні. До тайнобрачних відносили папороті, мохи, водорості і гриби, тобто організми, що не утворюють насіння, а до явнобрачних - насіннєві види. Зараз така система вважається занадто грубою і штучною.
У перші десятиліття 20 ст. розширення знань про родинні зв'язки рослин привело до виділення чотирьох їхніх головних груп: Thallophyta (талломние, слоевцовие, або нижчі рослини), Bryophyta (моховидні), Pteridophyta (папоротніковідние) і Spermatophyta (насіннєві). Група нижчих рослин об'єднувала бактерії, водорості і гриби - організми з талломом, або слоєвіщем, тобто тілом, що не розчленованим на корені, стебла і листя. До моховидна були відноситься печеночники і листостеблових мохи. У них теж немає справжніх коренів, стебел і листя, але від нижчих вони відрізняються насамперед тим, що розвиток зародка з заплідненої яйцеклітини відбувається у них в особливому жіночому органі на рослині, а не в навколишньому середовищі. У папоротніковідних, тобто папоротей, хвощів, плаунів і близьких форм, є не тільки справжні корені, стебла і листя, а й особлива проводить (судинна) система, що складається зі спеціалізованих судин ксилеми і флоеми. Однак насіння ці рослини не утворюють. Насінні, також володіють справжніми коренями, стеблами, листям і судинними тканинами, діляться на голонасінні (наприклад, хвойні), не утворюють квіток, і покритонасінні (квіткові).
Сьогодні і ця система визнається незадовільною. Деякі ботаніки прагнули вдосконалити її, розділивши всі рослини на ембріофіти (Embryophyta), що утворюють зародок всередині батьківського організму (моховидні, папоротніковідние, насінні), і позбавлені такої особливості нижчі рослини (бактерії, водорості, гриби). Інші вчені запропонували потрійний розподіл царства рослин - на судинні (папоротніковідние і насіннєві), або Tracheophyta, нижчі (бактерії, водорості, гриби) і моховидні (мохи та печеночники). Однак і ці системи визнані неспроможними.
В даний час отримала визнання система багатьох царств. Бактерії, водорості і гриби рослинами (тобто представниками царства рослин) більше не визнаються. Перших (разом з синьо-зеленими водоростями, яких тепер називають ціанобактеріями) або виділяють в одне царство Monera, або розподіляють між царствами Archaebacteria і Eubacteria. Інші водорості, включаючи одноклітинні, а також ряд відносно близьких до них за будовою організмів, складають царство протистов (Protista). Особливу царство Fungi утворюють гриби. Хоча по ряду ознак вони і нагадують рослини, багато їх типові представники, як показує вивчення ДНК, ймовірно, ближче до тварин.
Те, що в результаті залишається від царства рослин (Plantae), різні фахівці поділяють на 5-18 великих груп. Збільшення їх числа частково викликана цілком правомірною відмовою від визнання судинних рослин (Tracheophyta) природним таксоном: тепер кожна їх група вважається самостійним відділом.
У сучасній системі відділ - другий за ієрархічним рангу таксон після царства (у тварин і протистов йому відповідає «тип»). Раніше вважалося, що багато хто з відділів більш-менш лінійно відбуваються один від іншого і відповідають послідовним етапам еволюції, але зараз їх розглядають просто як групи рослин, схожих за будовою і особливостям розмноження форм, не обов'язково походять від одного предкового виду іншого відділу. Таким чином, хоча цей таксономічний ранг і відображає суттєві відмінності між організмами, колишнього еволюційного змісту йому вже не приписують.
Перераховані нижче типи царства протистов традиційно відносять до рослин.
Царство Найпростіші (Protista)
Тип Chlorophyta (зелені водорості)
Тип Charophyta (харовиє, або Лучице; іноді їх відносять до зелених водоростей)
Тип Chrysophyta (золотисті, діатомові і жовто-зелені водорості; останні іноді виділяють в самостійний тип Xanthophyta)
Тип Phaeophyta (бурі водорості)
Тип Rhodophyta (червоні водорості, або багрянки)
Тип Pyrrophyta (дінофлагеллати, іноді зараховують також до типу Sarcomastigophora)
Царство рослини (Plantae), відповідне ембріофітам.
Відділ моховидні (Bryophyta): мохи, печеночники, антоцеротовие мохи
Решта відділи раніше об'єднували в групу судинних (Tracheophyta), але зараз цей термін використовується суто описово і не вважається, як уже говорилося вище, природним таксоном.
Відділ Плауноподібні (Lycophyta)
Відділ Псілотовідние (Psilophyta)
Відділ хвощевідниє (Sphenophyta)
Відділ папоротніковідние (Pterophyta)
Решта відділи, що відрізняються наявністю не тільки судинної системи, але і насіння, раніше об'єднували в групу насіннєвих рослин (Spermatophyta), але зараз цей термін використовується суто описово і не вважається природним таксоном.
Відділ саговникові (Cycadophyta)
Відділ гінкгові (Ginkgophyta)
Відділ хвойні (Coniferophyta)
Відділ Гнетоподібні (Gnetophyta)
Відділ покритонасінні, або квіткові (Magnoliophyta)