У період між 1781 и 1791 рр. ним написані були останні опери: зингшпиль «Викрадення із сералю» (1772), дві веселі опери - «Весілля Фігаро» (1785) і «Дон-Жуан» (1787), «Усі вони такі» ( «Cosi fan tutte») ( 1790) (на тексти венеціанського поета Дапонте), серйозна, велика опера «Тит-мілостівец» (1791) і опера-казка «Чарівна флейта» (1791).
З них тільки «Чарівна флейта» мала безумовний успіх. «Весілля Фігаро» і «Дон-Жуан» не могли утвердитися в Відні, почасти внаслідок інтриг ворожої йому «італійської» партії.
Творча енергія, проявлена їм за коротке життя (він помер 36 років від роду), дивна. Йому приписується 754 музичних твори, з яких 132 не зовсім достовірні. З 622 творів, безумовно йому належать, 26 ще не знайдені. Список творів Моцарта містить в собі 40 симфоній (перша написана в 1764 р остання - в 1788 р), 20 опер, 31 дивертисмент, серенад і «касацій» для оркестру, велика кількість маршів і танців та інших дрібних оркестрових п'єс, 25 клавірних концертів, 15 концертів для інших інструментів, 5 концертів для кількох сольних інструментів, 26 струнних квартетів і ряд інших для різних складів, 9 квінтетів, 8 клавірних тріо, 42 струнні сонати, 42 скрипкові сонати, 5 сонат для фортепіано в чотири руки, 17 фортепіанних сонат, 15 клавірних варіацій і рондо, 17 сонат-тріо з акомпанементом органу, 15 сонатних частин для органу і безліч інших п'єс для різних інструментів. Крім того, він написав величезну кількість культової музики: ораторія «Davidde penitente», 15 мес, реквієм і багато іншої музики для різних церковних служб, дві франкмасонської кантати. Нарешті, його перу належить багато концертної вокальної музики - близько 40 арій для різних голосів, 34 пісні для голосу і клавіру, комічний терцет з клавіром, 22 багатоголосних канону.
В особі Моцарта ми маємо справу з композитором, однаково легко володіли всіма пологами музики, створеними до нього, і пустим був би суперечка про те, в який з цих областей він проявив себе найяскравіше. При дивної легкості письма він відрізняється деякою піддатливість чужим впливам і іноді навмисне користується масками чужого письма. Однак все ж він був людиною настільки безпосереднього стихійного музичного дару, що з цими, несильними втім. елементами пасивності він поєднуючи цілковиту свіжість свого таланту, музичного натхнення. У той час як Гайдн до 1791 г. (рік смерті Моцарта) жив виключно в Австрії та за контрактом зобов'язався не публікувати свої симфоній, написаних для князя Естергазі, Моцарт з ранніх років роз'їжджав по всій Європі, в надії на світову славу експлуатуючи свій творчий і виконавський геній. Цим частково пояснюється стилістична гнучкість творів Моцарта, який обслуговував різні великі європейські центри і застосовувався до різних смаків.
Найбільшою художньої зрілості Моцарт досяг в останні роки свого життя, а саме в семи симфоніях, і апогею досягає влітку 1788 року в трьох великих симфоніях Es-dur, g-moll, C-dur ( "Юпітер"). З них найбільш смілива - остання, де в фіналі проводиться з'єднання сонатної форми з фугою (принципово схожа з нею і увертюра до «Чарівній флейті»). Крім цих, добре відомих кожному любителю, трьох останніх «великих» симфоній, Моцартом написані ще 38. Майже всі вони заслуговують на більшу увагу, ніж те, яке їм зазвичай приділяється.