У селекції тварин, у порівнянні з селекцією рослин, є ряд особливостей. По-перше, для тварин характерно в основному статеве розмноження, тому будь-яка порода є складною гетерозиготной системою. Оцінка якостей самців, які зовні у них не проявляються (несучість, жирномолочность), оцінюються по потомству і родоводу. По-друге, у них часто пізня половозрелость, зміна поколінь відбувається через кілька років. По-третє, потомство нечисленне.
Основними методами селекції тварин є гібридизація і відбір. Розрізняють ті ж методи схрещування - близькоспоріднені схрещування, інбридинг. і неродинне - аутбридинг. Інбридинг, як і у рослин, призводить до депресії. Відбір у тварин проводиться за зовнішнім виглядом (певним параметрам зовнішньої будови), тому що саме він є критерієм породи.
1. Внутріпородний розведення: направлено на збереження і поліпшення породи. Практично виражається у відборі кращих виробників, вибракування особин, що не відповідають вимогам породи. У племінних господарствах ведуться племінні книги, що відображають родовід, екстер'єр і продуктивність тварин за багато поколінь.
2. Міжпородне схрещування використовують для створення нової породи. При цьому часто проводять близькоспоріднені схрещування, батьків схрещують з потомством, братів з сестрами, це допомагає отримати більшу кількість особин, що володіють потрібними властивостями. Інбридинг супроводжується жорстким постійним відбором, зазвичай отримують кілька ліній, потім проводять схрещування різних ліній.
Хорошим прикладом може служити виведена академіком М.Ф.ІВАНОВА порода свиней - українська біла степова. При створенні цієї породи використовувалися свиноматки місцевих українських свиней з невеликою масою і невисокою якістю м'яса і сала, але добре пристосованих до місцевих умов. Самцями-виробниками були кнури білої англійської породи. Гібридне потомство знову було схрещені з англійськими хряками, в декількох поколіннях застосовувався інбридинг, були отримані чисті лінії, при схрещуванні яких отримані родоначальники нової породи, які за якістю м'яса і масі не відрізнялися від англійської породи, по витривалості - від українських свиней.
3. Використання ефекту гетерозису. Часто при міжпородному схрещуванні в першому поколінні проявляється ефект гетерозису, гетерозисних тварини відрізняються скоростиглістю і підвищеною м'ясною продуктивністю. Наприклад, при схрещуванні двох м'ясних порід курей отримують гетерозисних бройлерних курей, при схрещуванні беркширской і дюрокджерсейской порід свиней отримують скоростиглих свиней з великою масою і гарною якістю м'яса і сала.
4. Випробування по потомству проводять для підбору самців, у яких не виявляються деякі якості (молочність і жирномолочность биків, несучість птахів). Для цього виробників-самців схрещують з декількома самками, оцінюють продуктивність і інші якості дочок, порівнюючи їх з материнськими і зі среднепороднимі.
5. Штучне запліднення використовують для отримання потомства від кращих самців виробників, тим більше що статеві клітини можна зберігати при температурі рідкого азоту будь-який час.
6. За допомогою гормональної суперовуляції і трансплантації у видатних корів можна забирати десятки ембріонів на рік, а потім імплантувати їх в інших корів, ембріони так само зберігаються при температурі рідкого азоту. Це дає можливість збільшити в кілька разів число нащадків від видатних виробників.
7. Віддалена гібридизація. міжвидові схрещування, відомо з давніх часів. Найчастіше міжвидові гібриди стерильні, у них порушується мейоз, що призводить до порушення гаметогенезу. З давніх-давен людина використовує гібрид кобили з ослом - мула, який відрізняється витривалістю і довгожительством. Але іноді гаметогенезу у віддалених гібридів протікає нормально, що дозволило отримати нові цінні породи тварин. Прикладом є архаромерінос, які, як і архари, можуть пастися високо в горах, а, як мериноси, дають хорошу шерсть. Отримано плодовиті гібриди від схрещування місцевого великої рогатої худоби з яками і зебу. При схрещуванні білуги і стерляді отриманий плідний гібрид - бестер, тхора і норки - хонорік, продуктивний гібрид між коропом і карасем.