Особливе місце фінансів бюджетних організацій у фінансовій системі визначається тим положенням, яке займають бюджетні організації в забезпеченні функцій держави. Останні в значній мірі реалізуються саме через бюджетні організації.
Слід виділити наступні особливості фінансів бюджетних організацій:
1. Виключно тісний зв'язок з бюджетом. з якого і фінансується основна частина витрат бюджетних організацій. Будь-яка зміна в бюджеті в першу чергу відбивається на фінансах бюджетних організацій. Недоотримання коштів бюджетом призводить і до недофінансування видатків бюджетних організацій. Перевиконання передбачених законом про бюджет відповідного рівня надходжень призводить і до додаткового фінансування бюджетних організацій.
Завдяки зазначеної особливості фінанси бюджетних організацій знаходяться в набагато більш тісному зв'язку і взаємозалежності з громадськими (централізованими) фінансами, ніж всі інші ланки фінансової системи.
2. Бюджетні організації можуть надавати і надають певні платні послуги, формуючи частину своїх фінансових ресурсів за рахунок самостійно зароблених доходів. що дозволяє співвіднести їх до господарюючих суб'єктів.
Дві зазначені особливості дозволяють визначити місце фінансів бюджетних організацій як проміжне; між громадськими фінансами і фінансами підприємств і організацій. Зазначене специфічне розташування підтверджується і наступною особливістю фінансів бюджетних організацій.
3. Відсутність самостійності у витрачанні коштів. Оскільки бюджетні організації в основному знаходяться на бюджетному фінансуванні, здійснюється жорсткий контроль з боку держави за економним та раціональним витрачанням виділених бюджетних асигнувань на відміну від комерційних структур, для фінансів яких характерний принцип самостійності.
До основних принципів організації фінансів бюджетних установ належать такі:
1. Цільове використання виділених і самостійно зароблених коштів. На відміну від всіх інших установ бюджетної організації при витрачанні коштів повинні строго дотримуватися тих цілей, на які ці кошти виділені. Якщо комерційна організація може витратити отримані в оплату за поставлені товари чи надані послуги кошти на будь-які цілі, починаючи від збільшення фонду оплати праці своїх співробітників і закінчуючи спрямуванням їх на благодійність, бюджетні організації такою свободою дій не мають. Отримані з бюджету або самостійно зароблені кошти вони можуть використовувати виключно на ті цілі, які передбачені в кошторисі.
2. Жорстке розмежування бюджетного фінансування і самостійно зароблених коштів. Обидві групи засобів зберігаються на окремих рахунках, на кожну з груп складається окремий кошторис на їхню витрачання, по кожній з груп складається cамостоятельно звітність.
3. Бюджетний імунітет. Згідно ст. 239 БК РФ імунітет бюджетів являє собою правовий режим, при якому звернення стягнення на бюджетні кошти здійснюється тільки на підставі судового акта:
* Відшкодування недофінансування, якщо стягуються кошти були затверджені в законодавчому порядку в складі видатків бюджету;
* Відшкодування збитків, заподіяних фізичній чи юридичній особі в результаті незаконних дій державних органів або їх посадових осіб.
4. Контроль з боку державних органів і органів місцевого самоврядування за цільовим і раціональним витрачанням коштів.