Вищим органом управління кооперативу є загальні збори членів кооперативу. Воно має повноваження вирішувати будь-які питання діяльності кооперативу, причому цілий ряд питань відноситься до його виключної компетенції, тобто не може бути вирішене іншими органами управління кооперативу.
До виключної компетенції загальних зборів, зокрема, відноситься:
- затвердження статуту, змін і доповнень до нього;
- вибори інших органів управління та заслуховування їх звітів;
- твердження про грам розвитку кооперативу, річного звіту та бухгалтерського балансу;
- встановлення розміру та порядку внесення пайових внесків та інших платежів членами кооперативу;
- порядок розподілу прибутку і збитків;
- визначення видів, розмірів і порядку формування фондів кооперативу;
- придбання і відчуження землі та основних фондів;
- прийом і виключення членів у виробничому кооперативі;
- реорганізація, ліквідація кооперативу, вступ в інші кооперативи, господарські товариства, товариства, спілки, асоціації та вихід з них.
Якщо з усіх інших питань діяльності кооперативу рішення загальних зборів приймається простою більшістю голосів, то з питань, віднесених до виключної компетенції, рішення вважається прийнятим, коли за нього проголосувало не менше ніж 2/3 від кількості присутніх на зборах (статутом може бути передбачено і більш високий кворум).
У великих кооперативах, де число членів перевищує 300, загальні збори кооперативу може проводитися у формі зборів уповноважених. В цьому випадку в статуті має бути визначено, від якого числа членів кооперативу обирається один уповноважений, на який термін і в якому порядку обираються уповноважені.
Виконавчим органом сільськогосподарського кооперативу є правління.
Правління кооперативу обирається загальними зборами на строк не більше п'яти фінансових років і складається не менше ніж з трьох членів.
Статутом кооперативу передбачається розподіл обов'язків між членами правління з умовою спільно вирішувати питання, пов'язані із здійсненням господарських операцій на суму понад заздалегідь встановленої.
Наявність голови в кооперативі не обов'язково. Якщо ж відповідно до статуту кооперативу голова обирається, він стає одночасно головою правління. У маленьких сільськогосподарських кооперативах (з числом членів менш 25) замість правління може обиратися тільки голова і його заступники - один або кілька.
В сільськогосподарському кооперативі може бути створена і виконавча дирекція. на неї покладаються обов'язки по найму працівників і організації їх роботи, (функції, які зазвичай виконує правління).
Ще один орган управління сільськогосподарського кооперативу - спостережну раду. обирається з числа членів кооперативу в кількості, як правило, трьох осіб. Його основне призначення - контроль за діяльністю правління кооперативу. Зрозуміло, член наглядової ради не може бути одночасно членом правління або головою кооперативу. Членам наглядової ради заборонено отримувати винагороду за результатами діяльності кооперативу.
Однак створення наглядової ради є обов'язковим тільки для споживчих кооперативів та виробничих кооперативів з числом членів не менше 50. Дрібні виробничі кооперативи можуть таку пораду не створювати.