Глави про життя Москви 30-х років межують з розповідями на біблійні теми (роман, який пише майстер, інтерпретує відому історію зіткнення Ісуса і Понтія Пілата, а також історію жертовної загибелі Христа). Це дає можливість письменникові розглядати сучасність з позиції вічності та крізь призму християнських цінностей. Композиція роману побудована за принципом контрапункту, тобто об'єднання різних, відносно незалежних сюжетних ліній, які розвиваються з різною швидкістю. Це зумовлює певну поліфонію твору, його узагальнюючий характер. У побудові роману відчувається вплив Григорія Сковороди, в трактаті якого «Потоп зміїний» викладено концепцію про існування трьох світів: земного, космічного і біблійного; кожен з них має дві сторони - зовнішню (ту, що всі бачать) і внутрішню (невидиму).
У М. Булгакова земний світ уособлюють персонажі з московського життя 30-х років (Берліоз, Римський, Варенуха, Ласточкин і ін.). До космічного належать Воланд і його свита (Азазелло, кіт Бегемот, Абадонна, Гелла). Біблійний світ постає в історіях про Ієшуа Га-Ноцрі, Понтія Пілата, Левія Матвія, Іуду і ін. Така художня структура твору - не просто витвір фантазії художника. Зображуючи різні світи, М. Булгаков наголошував на розриві між ними. Люди живуть на Землі і не думають про Бога, про Всесвіт. Злободенні проблеми відсунули на другий план вічні цінності. А це означає, що світ втратив свою духовну мету і летить у прірву. Роман «Майстер і Маргарита» є попередженням людству про наслідки від порушення законів буття.
Одна з найбільших таємниць роману - біблійний сюжет, який розгортається в уяві майстра.
Письменник максимально приземляються біблійний сюжет. Ієшуа зіткнувся в ідейному діалозі з Понтієм Пілатом, який змальовується не як могутній прокуратор, а теж як звичайна людина, знесилений головним болем. У Біблії Понтій Пілат не мучиться сумнівами і докорами совісті, а булгаковський герой постійно балансує між добром і злом і, наказавши вбити Ієшуа, потім буде страждати, до тих пір, поки Майстер не пробачить його. Юда, який зрадив Ієшуа, - також вже не біблійний Іуда, підлий зрадник, а закоханий чоловік, готовий на все заради жінки. Ієшуа Га-Ноцрі НЕ проголошує в романі полум'яних промов про спасіння людства і Царство Бога. Його істина проста: усі люди добрі, добрі і необхідно все зробити, щоб допомогти людині проявити свою добру природу, так як тільки добро може змінити світ. Всі, хто спілкуються з Ієшуа, внутрішньо змінюються.
Жорстокий збирач податків, наслухавшись добрих слів Ієшуа, кинув гроші на дорогу і пішов за ним. Співчуття Ієшуа лікує головний біль Понтія Пілата. Але свобода Ієшуа Га-Ноцрі, його прагнення до правди і добра виявляються злочинними з точки зору ершалаимского законів, так як там неможливо вірити в що-небудь інше, крім кесаря. Будь-яка віра, навіть віра в добро, підриває державний устрій, заснований на владі і насильстві. В цьому плані ершалаимского світ роману «Майстер і Маргарита» - це своєрідна модель тоталітарної держави, яке знищує людину і людські істини. М. Булгаков зображує насильство в широкому історико-філософському контексті, він доводить, що зло є злом, яких би форм воно не набувало, і доля людини завжди буде трагічною, доки людство не усвідомлює цінності окремої особистості і не повернеться до духовних ідеалів. Хто ж несе відповідальність за насильство?
М. Булгаков відмовляється від ідеї колективної провини. Якщо в Біблії Христа розіп'яли за рішенням синедріону і на вимогу юрби, яка кричала Пилата: «Розіпни його!» (Понтій Пілат лише затвердив це рішення), то у М. Булгакова вся відповідальність за страту Ієшуа покладається на прокуратора. Саме він винен у загибелі Ієшуа. У Біблії Ісус створював чудеса для людей, але він не зробив для них найважливішого дива - Царства Божого, так як показав їм, як можна створити його самим. «Люди, ви - боги», - говорив Христос, маючи на увазі здатність людини змінити духовний і природний світ. «Люди - боги» є одним з головних лейтмотивів булгаковського роману.
Маргарита рятує Майстра. Понтій Пилат також намагався врятувати свою душу, наказавши вбити Іуду. Але спасіння душі не може здійснитися через убивство, і Понтій Пілат страждає, доки Майстер не звільнив його від докорів совісті. Майстер рятує також Івана Бездомного, Ієшуа - Левія Матвія. А якщо людина врятує людину, стверджує М. Булгаков, ще не втрачено надію врятувати весь світ. Допомогти порятунку людства можуть також вічні духовні цінності - добро, любов, милосердя, які втілюються в образі Христа. Ця ідея представлена вже на початку роману в розмові Берліоза з Бездомним про існування Ісуса, коли несподівано з'являється Воланд, кажучи: «Майте на увазі, що Ісус все ж таки існував ...». Здавалося б, виникає певний парадокс - Воланд, диявол, стверджує існування Христа.
Але насправді тут немає нічого парадоксального. Значення цього виразу багатозначне: по-перше, кажучи про Христа, Воланд утверджує своє існування як диявола, тобто існування реального зла у суспільстві. По-друге, ім'я Христа є нагадуванням людям про Бога, якого вони забули, і тому стало «все дозволено» в цьому світі (відомий мотив Ф. Достоєвського, який розгортається в романі).