Існує безліч доказів того, що балалайка походить від домри, яка спочатку використовувалася в пасторальної культурі. Відомо, що домру - Лютневий інструмент, що належить до сімейства танбур, в XIII столітті привезли в Росію монголи.
Округлі форми домри з часом перетворилися в трикутні форми балалайки, що значно спростило виробництво останньої. Зміна форми призвело до появи нових технік виконання: якщо для гри на домрі необхідно було використовувати дерев'яні палички або твердий кінець пера, то на оснащеної новими струнами балалайці можна було грати пальцями.
Музичні дослідники сумніваються в прямого зв'язку між цими інструментами, так як в момент появи балалайки домра практично зникла з музичної сцени. Проте, поставивши під сумнів теорію еволюції одного інструменту в інший, неможливо не визнати, що балалайка зайняла місце домри в музиці.
За твердженням деяких фахівців, балалайка має українське коріння. Інструмент, що нагадує балалайку, зустрічався в різних регіонах України задовго до її появи в Росії. Перша згадка балалайки зустрічається в документі 1688, в якому йдеться про двох виконавців з Арзамаса, що грали на ній. Також відомо, що в 1648 році цар Олексій Михайлович наказав конфіскувати і знищити всі народні музичні інструменти, заборонені православною церквою і державою.
Незважаючи на репресії, в кінці XVII століття все ще існували мандрівні артисти і музиканти, які грали на ярмарках, весіллях та інших торжествах. Не дивно, що православна церква, прагнула викорінити язичницькі традиції, була стурбована впливом блазнів і музикантів.
Тоді балалайка представляла собою інструмент з трикутним корпусом (також існували і круглі моделі), основа якого становила 33 см, дві або три струни розташовувалися над резонаторних отвором. Найбільш поширені в XVIII столітті моделі мали п'ять або сім ладів.
В середині XIX століття балалайку змінила семиструнная гітара, яка користувалася великою популярністю. На трикутної балалайці (круглі моделі практично зникли) грали лише ті, хто не міг собі дозволити гітару. Деякі історики стверджують, що балалайка була популярна вже на початковому етапі свого існування, а в останній третині XIX століття з'явилися перші віртуози балалайки.
Вихід на сцену російського дворянина Василя Васильовича Андрєєва докорінно змінив долю цього інструменту. Популярність балалайки в Росії і в Україні була дуже велика. На ній грали багато бродячі поети і співаки. В середині XVII ст. стурбований народними хвилюваннями цар Олексій Михайлович наказав зібрати всі наявні екземпляри інструменту і спалити їх.
Достеменно невідомо, чому Василь Андрєєв вперше звернувся до балалайці. Музичні історики стверджують, що він створив свій перший інструмент в 1883 році, надихнувшись прикладом неаполітанської мандоліни, яку побачив в Італії. Незважаючи на те, що Андрєєву було важко знайти людей, які підтримали його ідею, він не переставав робити нові спроби створення інструменту. В результаті експериментів в 1886 році він справив на світло справжній шедевр. Натхнений цим успіхом музикант продовжив роботу над вдосконаленням інструменту і створив шість різних по налаштуванню типів балалайки.
Василь Андрєєв був багатим землевласником, однак він не забував про простих людей. Його головною метою було допомогти відродженню улюбленого інструменту і повернути його народу, чого він в результаті і домігся. Андрєєв давав уроки гри на балалайці солдатам, які могли забирати інструмент з собою, щоб займатися вдома. Таким чином, музикант вплинув на поширення балалайки на всій території Росії.
Василю Андрєєву за допомогою майстрів, які входили в його гурток, також вдалося вивести в народ інші народні інструменти - домбри, гуслі і балалайці, що призвело в 1897 році до створення Великоруського Оркестру. Успіх цього оркестру та інших музичних груп, що грали на народних інструментах, викликав великий інтерес композиторів. Вони стали писати твори, в яких розкривалися багатогранні можливості цих інструментів. Після гастролей російських оркестрів на початку XX століття подібні музичні колективи почали активно з'являтися закордоном. Так, в Лейпцигу, Парижі, Нью-Йорку, Лондоні та інших культурних столицях, були засновані численні ансамблі, що виконували російський репертуар. У XIX ст. Василь Андрєєв зіграв ключову роль у відродженні балалайки. З кінця XIX - початку XX ст. балалайка стала популярною на всій території Росії.
У 1930-і роки талановитий музикант Сергій Никифорович Василенко написав «Сюїту для балалайки і акордеона» та «Концерт для балалайки з оркестром». Віртуоз Михайло Ипполитов-Іванов також використовував поєднання балалайки і симфонічного оркестру в своїй симфонії-фантазії «Ювілейний марш». У другій половині XX століття для балалайки писали такі композитори, як Юрій Шишаков ( «Концерт для балалайки», 1955), а також Микола Римський-Корсаков, Арам Хачатурян і Рейнгольд Глієр.
Музичні критики вважають появу багатого репертуару ознакою зрілості балалайки, яка зайняла, нарешті, гідне місце в музичній культурі. Так вона перестала бути інструментом тільки для народних розваг, перейшовши в оркестровий ранг. Її унікальні темброві можливості дозволяють виконувати не тільки російські народні мелодії, а й класичну музику.
Сьогодні в професійних музичних колах з жалем говорять про зникнення оркестрів народних інструментів в Україні. Цей факт пов'язують з тим, що викладання гри на балалайці в консерваторіях стало великою рідкістю. Навпаки, навчання грі на народних інструментах в російських консерваторіях вважається дуже престижним. Інтерес до народних інструментів, що виник на Заході в другій половині XX століття, згодом сприяв створенню великого числа фольклорних гуртів в усьому світі. У XX ст. балалайка стала визнаним музичним інструментом і зайняла гідне роль в оркестрі.
Балалайка, завдяки своїм необмеженим можливостям, може бути як сольним, так і оркестровим інструментом. Починаючи з 1880 року поява цілого сімейства балалайок, сприяло створенню численних нюансів звучання. У традиційному балалаєчної оркестрі також можуть брати участь домра, гармонь (російський варіант акордеона) і гуслі.
Перший балалаєчний оркестр був створений в 1888 році Василем Андрєєвим, який представив його публіці в Петербурзі. У процесі введення народних інструментів в оркестр їх конструкція, так само як техніка виконання на них, зазнали безліч змін, завдяки яким народні інструменти увійшли в симфонічну музику. В даний час інтерес до балалаєчної оркестрів значно виріс як в Росії, так і в країнах Західної Європи і в Сполучених Штатах Америки.
Вихід на великий екран легендарного фільму Девіда Ліна «Доктор Живаго» значно сприяв популярності балалайки в усьому світі. Найвідоміша тема фільму - тема Лари, виконана на цьому інструменті. Натхненний балалаєчної оркестрами, композитор Моріс Жарр створив цю чудову музичну композицію всього за шість тижнів. Критики вважають цей твір одним з кращих коли-небудь написаних для кіно. На їхню думку, такий успіх викликаний тим, що в своїй роботі Жарр вдалося одночасно передати агонію, яка охопила Росію під час революції, а також історію кохання головних героїв.