Функціональні методи дослідження є допоміжними засобами діагностики. З їх допомогою виявляють ранні, приховані ознаки захворювання і стадії його розвитку, визначають показання до проведення патогенетичної терапії, контролюють ефективність лікування і прогнозують його результат.
Біомікроскопія - дослідження мікроциркуляції в слизовій оболонці рота на підставі візуального спостереження. Вона дозволяє вимірювати лінійну швидкість кровотоку в мікросудинах, діаметр і щільність розподілу мікросудин, архітектоніку судинного русла. Метод використовують для динамічного спостереження при афтозний стоматит і захворюваннях пародонту.
Жувальну пробу проводять для оцінки ефективності роботи жувального апарату. Визначають 3 показника: жувальну ефективність, жувальний ефект і жувальну здатність.
Полярографія - визначення оксигенації тканин. Метод застосовують при порушенні кровопостачання тканин (травма, операції, захворювання пародонту і ін.).
Реодентографія - дослідження функціонального стану судин пульпи зуба (нормальне тонічне напруження судинної стінки, вазо-констрикція, вазодилатація). Метод використовують для диференціальної діагностики запальних захворювань пульпи зуба при лікуванні глибокого карієсу, пульпіту біологічним методом, препаруванні зуба під коронку і місцевої анестезії.
Реопародонтографія - дослідження судин пародонту, засноване на графічній реєстрації пульсових коливань електричного опору тканин пародонта.
Фотоплетізмографія - визначення локального кровотоку на підставі пульсових змін оптичної щільності тканини. Метод дозволяє визначати межі вогнища запалення в щелепно-лицевої ділянки та контролювати функціональний стан судин язика, губ, щік при глосситах, стоматитах (дослідження може проводитися безконтактно) і пародонтиті.