Рід Кочубеїв славився давньою історією. Засновником сім'ї вважався знатний кримський татарин Кучук-Бей, який на рубежі 16-17 століть оселився в Малій Русі серед козаків, був хрещений під ім'ям Андрій. Нащадки Кучук-Бея довгий час служили Російській державі та її государів вірою і правдою. Своїм чесним служінням вони прославили свій рід: спочатку їм було надано титул графа, а при російському імператорові Миколі I Кочубеям був дарований і князівський титул. Так, Леонтій, син Андрія Кучук-Бея, був знаменитий тим, що був військовим товаришем Богдана Хмельницького. Але найбільшу популярність в російській історії отримав все ж онук Андрія - Василь Кочубей. Він народився близько 1640 року в селищі Борщагівка (нині Погребищенський район Вінницької області).
Кочубей під впливом генерального осавула Мазепи взяв участь в доносі на гетьмана Івана Самойловича. Генеральні старшини і кілька полковників, керовані, мабуть, Мазепою, звинуватили гетьмана у хабарництві і прагненні утворити з Малої Росії незалежне володіння. Самойловича відправили на заслання. Мазепа став гетьманом. Він віддячив Кочубея, той отримав кілька земельних володінь, включаючи прославлену Миколою Гоголем Диканьку, і посаду генерального військового судді (фактично ставши главою виконавчої влади в Малоросії). Трохи пізніше гетьман випросив для Кочубея звання стольника - за розпорядком чинів XVII в. стольники посідали п'яте місце після бояр, окольничий, думних дворян і думних дяків. Зміцніли і особисті відносини між Мазепою і Кочубеєм. Іван Мазепа став хрещеним батьком для дочки Василя Кочубея. Довіра до Кочубею було настільки великим, що Мазепа довірив йому найпотаємніші думки, повідомив про прагнення відокремитися від Росії.
Мабуть, саме дочка Кочубея - Мотрона (Мотря), стала причиною для майбутнього розриву дружніх відносин. Красива й освічена дівчина цікавила багатьох наречених. Навіть князь Олександр Меньшиков пропонував видати її заміж за кого-небудь зі своїх багатих родичів, проте ясновельможному було в цьому відмовлено. І тут трапилася несподіванка, старий гетьман Іван Мазепа заслав сватів в будинок свого старого товариша, але і він отримав рішучу відмову з боку батьків. Шлюб між хресним і хрещеницею вважався неможливим.
За однією версією Мазепа спокусив дівчину. За іншою думкою, 16-річна дівчина сама закохалася в багатого і знатного чоловіка. Вона перша розповіла про свої почуття, і вони вирішили поєднати свої долі. Герман кілька разів надсилав сватів, але батьки стояли на своєму. Мотрона навіть втекла до Мазепи, проте він умовив її повернутися до батьків, пообіцявши домогтися дозволу на вінчання з нею. Він постійно надсилав їй подарунки та листи. У 1707 році Матрона вийшла заміж за овдовілого полкового суддю Чуйкевича, якого гетьман наблизив до себе.
Доноси на гетьмана Мазепу
Кочубей послав третій донос. Цього разу він діяв разом з полковником Іваном Іскрою (він підозрював свою дружину в зраді з Мазепою), і священиком Святайла. Звістка про зраду гетьмана віддали охтирському полковнику Осипову, щоб той передав його київському губернатору Д. Голіцину. Цар був упевнений у вірності Мазепи, а вельможі, які отримали щедрі дари від гетьмана, не знайшли підстав для звинувачень в зраді. Та й Мазепа діяв обережно, не давав приводу засумніватися в своїй вірності.
Мазепа, наляканий доносами і наслідком, прискорив переговори зі Станіславом Лещинським і Карлом XII. Таємні переговори завершилися укладенням угоди про союз. Мазепа зобов'язався надати шведської армії укріплені пункти в Сіверської землі для зимівлі, провіант і фураж. Крім того, він обіцяв переманити на сторону супротивників Москви запорізьких і донських козаків і калмицького хана.
Цар Петро I, усвідомивши свою помилку, викликав до себе вдову Василя Кочубея - Любов Федорівну. Її щедро обдарували і повернули родині все конфісковане майно. Цар оголосив Василя Леонтійовича Кочубея «чоловіком чесним, славним пам'яті» і наказав до його родового герба додати два золотих хреста з девізом «ставав усе більшим, коли загинув».