Фонд здійснює такі функції:
- формування компенсаційного фонду за рахунок обов'язкових відрахувань забудовників, які залучають грошові кошти учасників пайового будівництва;
- облік надійшли обов'язкових відрахувань забудовників в компенсаційний фонд і контроль за сплатою забудовником цих відрахувань;
- виплата за рахунок коштів компенсаційного фонду відшкодування громадянам - учасникам пайового будівництва при банкрутстві забудовника;
- акредитація арбітражних керуючих з метою здійснення ними повноважень конкурсного керуючого у справі про банкрутство забудовника;
- фінансування заходів із завершення будівництва об'єктів незавершеного будівництва за рахунок коштів компенсаційного фонду;
- взаємодія з органами держвлади, муніципальними органами і забудовниками;
- здійснення інших функцій.
Розмір обов'язкових відрахувань забудовників в компенсаційний фонд становить 1,2% від ціни кожного договору участі в пайовому будівництві (ДДУ), що передбачає передачу житлового приміщення. При держреєстрації ДДУ, що передбачає передачу житлового приміщення, орган реєстрації прав направляє до Фонду запит про сплату забудовником обов'язкових відрахувань по ДДУ.
Засоби компенсаційного фонду використовуються:
- на виплату відшкодування громадянам - учасникам пайового будівництва по ДДУ, які передбачають передачу житлових приміщень;
- на фінансування заходів щодо завершення будівництва об'єктів незавершеного будівництва;
- на фінансування витрат Фонду.