Понад засекречений проект «D», був створений, щоб люди могли протистояти інопланетне вторгнення. На спеціальній базі команда майбутніх супер солдат проходить спеціальне навчання, щоб відбивати атаки інопланетян.
Насправді інопланетні істоти дуже часто нападають на людей, просто найчастіше це приймають за нещасні випадки. Саме такий напад було скоєно пару років назад на космічний шаттл. Вижити вдалося тільки Дзин Камісіне. Коли він дізнався про справжню причину катастрофи (при цьому загинула вся його сім'я), то відразу ж вирішив стати учасником проекту «D».
Вони називають себе Мяу Мяу. П'ять дівчат випадковим чином стали напівлюдьми-полукошкамі. Спочатку Ітіго Момомі в парку знепритомнів від вибуху незнайомого предмета. Поки дівчина була без свідомості, в її тіло вселився дух кішки. З рештою сталося щось схоже.
Але головне не це, а те, що Ітіго, Мінт, Летус, Пурин і Дзакуро не випадково стали кішками. Тепер на них покладена особлива місія. Вони повинні захистити все людство від вторглися на Землю інопланетних істот.
Тарута спадкоємиця знаменитого роду Ганааш, який жив на іншій планеті багато років назад. Коли між двома династіями почалася війна, щоб убезпечити свою дочку, глава династії Ганааш відіслав свою дочку Тарута на Землю. Це єдиний шанс коли-небудь знову відродити їх рід.
Йшов час, Тарута росла веселою і пустотливий дівчинкою, хоч насправді вона не людина, а кішка. Тарута володіє чарівними силами і намагається це довести своїм друзям, які тільки сміються над нею.
Фіоре твердо вирішив, що буде захищати Мамору від всіх, хто його засмучує або намагається нашкодити. Після загибелі батьків Мамору став сумним і почав дуже швидко прив'язуватися до людей. Фіоре пам'ятав той день, коли йому довелося покинути Землю.
Тоді ж він пообіцяв, що обов'язково знайде квітку, який буде захистом для Мамору від смутку і самотності. І ось Фіоре знайшов квітку, який на його погляд міг допомогти Мамору. Ця квітка несе небезпеку для всього людства, тому що висмоктує енергію людей, але саме це і потрібно Фіоре.
П'ять школярів вирушили на пошуки зниклого кролика, а замість цього знайшли на кукурудзяному полі пораненого цуценя. Але щеня виявився інопланетянином на ім'я Почи. В знак подяки Почи запропонував хлопцям відправиться в космічну подорож.
Звичайно, друзі відразу погодилися, а хто ж відмовиться від такого! Але по шляху їх почав переслідувати ворог Почи, який його поранив - Непп. Діти майже досягли мети - дісталися до планети Почи, але Непп викрав одного зі школярів, так що плани змінилися.
Екіпаж «Нірвани» став більше! Але чи принесе це користь? Над «Нірваною» нависла нова загроза - малознайомі прибульці атакують корабель все лютіше і хитрішими. Хто ж вони насправді до кінця так і не зрозуміло.
Хібікі і Діта вже не приховують своїх стосунків, але чи допоможе це їх планет і живуть там людям? Може пора нарешті об'єднатися заради боротьби над ворогом і раз і назавжди дати йому гідну відсіч. Незабаром завіса таємниці трохи прочиниться і це приведе в шок команду «Нірвани». Їм нічого не залишається окрім відчайдушного опору.
Люди завжди хотіли розширити сфери свого впливу і в далекому майбутньому їм це вдалося. Кілька кораблів з колоністами полетіли в космос і заселили планети, придатні для життя людини. Заселення відбулося по різному, на одних планетах жили чоловіки, на інших жінок.
Через пару поколінь чоловіки вступили в бій з жінками - піратами, але програли, а трьох з них взяли в полон. Жінки-пірати полетіли, але столкулісь з ще одними мешканцями космосу, які немов м'ясорубка перемелюють всіх людей заселених планет.
Минуло вже досить багато часу з тих пір, коли земляни залишили рідну планету і живуть на великому кораблі, який вони назвали Макросс. Цікаво, чи зуміють вони знайти дорогу додому? Їм часто доводиться відбиватися від атак Зентраді.
Люди вже добре знають, яку зброю є найефективнішим в боротьбі з інопланетянами - пісня про кохання. Саме тому на борту Макросса живе Лінн Мінмей - молода красива поп-співачка, яка здатна своїм сильним голосом перемогти будь-кого, навіть самого величезного Зентраді.
Корабель Першої Космічної Війни Макросс 7 зазнав нападу інопланетян раси Протодемони. Вони забирають у людей все їх життєві сили, а люди після цього занурюються в стан, подібний до комі. Боротьбу з інопланетянами очолив Максиміліан Джениус - один з кращих капітанів і командирів.
Під час чергової битви переконаний пацифіст Некіі Басара починає співати і кардинально змінює хід битви. Некки стає новою зброєю людей, використовую спеціальну електрогітару-автомат, яка стріляє музичними капсулами.