Коли Кисимото приступав до роботи над "Наруто" він, зрозуміло, хотів одночасно слідувати традиціям так званої "shonen" -мангі ( "Мальчуковой манги"), і при цьому створити унікальні, несхожі характери головних героїв. Сам Кисимото згадує мангу Акіри Торіяма "Dragon Ball" ( "Перлина дракона"), в якості свого основного "орієнтира". Саме Сон Гоку, головний герой "Перли дракона", послужив зразком для майбутнього юного ніндзя Наруто Узумакі - персонажа надзвичайно енергійного і з дуже шкідливим характером.
Причому Саске, за його словами, створювався з найбільшим працею. Знадобилося чимало пробних ескізів і начерків. Зате зараз йому найбільше подобається малювати саме Саске. Саске Учіха багато оглядачів манг розкритикували. На їхню думку, такого персонажу абсолютно неможливо як-небудь симпатизувати. Однак вони явно помилялися, бо Саске, згідно з опитуваннями читачів, є одним з найулюбленіших персонажів манги.
Далі, звичайно ж, потрібно придумати головну героїню-дівчину. У процесі її створення Кисимото визнавав, що у нього "немає чіткого уявлення про те, якою має бути головна героїня". Зрештою, на сторінках манги з'явилася Сакура Харуно - справжня юна феміністка, особа енгергічная, сильна, але в той же час схильна до явного флірту.
Її критики також спочатку прийняли холодно, вважаючи її надто типовим персонажем, які не мають самостійної цінності. Однак з розвитком історії виявилося, що Сакура зовсім не так проста, і що її роль далеко не огрнічівается примітивним "оттенением" головного героя. Такий розвиток речей оглядачі гаряче вітали. Ці три персонажа і стали головними героями манги "Наруто". Малюючи своїх персонажів, Кисимото незмінно дотримується одного і того ж методу: спочатку - загальна концепція і чорнові начерки, потім - промальовування контурів, обведення їх чорнилом, потім - промальовування тіней, і, нарешті, - розфарбовування (яке, правда, використовується тільки при створенні обкладинок окремих томів манги). Один раз Кисимото використовував навіть аерозольний рапилітель фарби, проте через трудомісткість цього методу він його більше не повторював.
Перші сцени манги розгортаються в селі, званої "Коноха", або, якщо повністю - "Конохагакуре але Сато" ( "в перекладі -" Село, прихована в листі "). Коноха - це місце проживання одного з п'яти" Великих Народів Ніндзя ", управляється вона видающімімся людьми, що носять титул "Хокаге". На скелі, що височіє над селом, висічені лики її п'яти перших Хокаге. Кисимото визнається, що Коноха створювалася "вельми спонтанно, без особливих роздумів".
Він також говорить про те, що вид села списаний з його власного будинку, що знаходиться в префектурі Окаяма. Кисимото не став точно визначати час, в яке відбуваються події манги, а також географічні паралелі з реальним світом. За його словами, Коноха, - це "селище, існуюче в моїй голові".