При шпаклюванні дерев'яного корпусу керуються тими ж правилами, що і при роботі з металевим корпусом. Відмінністю є те, що дерево краще обробляти рідшими шпаклівками. З цією метою часто застосовуються густотертие або рідкі фарби з додаванням порошку, що не вбирає воду (мармурова мука, кварцовий пісок і т.д.). Зберігати шпаклівку під час роботи зручно в поліетиленовому мішечку з отвором в кутку, з якого її видавлюють в міру необхідності
Починати шпаклювання, як, втім, ґрунтовку і фарбування корпусу човна слід від рівня трохи (приблизно на 50 мм) нижче ватерлінії у напрямку до кіля. Після цього переходять до надводної частини. Така послідовність економить час і дає можливість краще просохнути підводної частини.
Шпаклюють можливо більш тонкими шарами за допомогою шпателя (краще металевого), ведучи його під кутом близько 75 град. до поверхні. Невеликі за площею, але глибокі виїмки краще заповнювати не шпаклівкою, а ватою, просоченою оліфою; після її висихання для шпаклівки залишається невелике заглиблення. Іноді для цієї мети використовують монтажну піну.
Хороші результати можна отримати, застосовуючи лакову шпаклівку наступного складу: лак Шпаклювальний №74 - 35% (по вазі); крейда - 57%; охра - 5%, залізний сурик - 3%. Остаточний колір шпаклівки - жовто-рожевий. Шар такої шпаклівки до 0,5 мм висихає приблизно за 15 годин.
Після завершення шпаклювання і просушування необхідно перевірити покриття на відсутність тріщин особливо в місцях накладення декількох шарів. Далі корпус можна зачистити за допомогою шматка пемзи або наждачного паперу, очистити від пилу і приступити до грунтування. Перед ґрунтуванням часто застосовують «шліфування по мокрому», коли наполовину висохлий шар шпаклівки покривається невеликою кількістю оліфи і розтирається шматком пробки або гуми. Даний метод досить популярний, оскільки дає можливість відразу отримати рівну поверхню, просочену оліфою, і уникнути таких трудомістких операцій як обробка шкіркою і фунтовка гарячою оліфою.
Поверхня корпусу човна після шпаклівки бажано фунтовать повністю суцільним шаром, причому колір фунта і шпаклівки повинен відповідати кольору зовнішнього фарбування. Це досягається введенням відповідних пігментів. Гарантувати можна тією ж фарбою, якою буде покрита човен, але дещо меншою консистенції. Це значно полегшує усфаненіе конфастних переходів між шпаклювати і не шпаклювати ділянками. Грунтовка, накладена на шпаклівку, повинна сохнути не менше 2-3 діб і утворити в результаті суцільної однорідний глянцевий шар.