Поряд з позитивними і корисними властивостями гриби можуть приносити і шкоду. Медпрацівники досить часто фіксують отруєння грибами. Причинами отруєння, в першу чергу, є нездатність відрізняти їстівні та отруйні гриби, а також покупка грибів на стихійних ринках. Крім цього, на біохімічну і видову структуру грибів впливає глобальна людська діяльність. Багато людей не знають правил збору грибів і кладуть в кошик все підряд: переспілі, червиві і підгнилі гриби, які не придатні в їжу і можуть послужити причиною шлунково-кишкових хвороб. У той же час при оновленні грибниці гриби є джерелом суперечка.
Дуже небезпечні 20 видів грибів. Ось деякі з них: мухомор червоний і інші види мухоморів, бліда поганка (мухомор зелений), строчок, розовопластіннік, волокінніца, помилковий сіро-жовтий опеньок, лисичка, дощовик, сатанинський гриб, рижеющій і темно-лускатий печериця та ін. Дуже часто отруєння відбувається не отруйними грибами, а так званими умовно їстівними при неправильному їх приготуванні, зокрема, свинушками тонкої. У грибах на різних стадіях розвитку міститься неоднакова кількість отрут, яке варіює залежно від умов середовища зростання. Доведено, що гриби, що ростуть в умовах підвищеної вологості і на гумусових ґрунтах, більш отруйні, в порівнянні з тими, що ростуть на бідних мінеральними речовинами, сухих ґрунтах і в посушливий час.
Навіть їстівні види грибів можуть всмоктувати з грунту, води, повітря і накопичувати в собі токсичні і радіоактивні речовини, якщо ростуть поблизу військових полігонів, хімічних виробництв, великих автострад, зон екологічних катастроф і в місцевостях з підвищеним радіактивній фоном. Тому будь-які гриби не слід вживати без обробки. Потрібно пам'ятати, що після збору гриби потрібно швидко переробити, тому що в білкової тканини гриба в теплі через 3-5 годин починають накопичуватися вторинні метаболіти. Можна зберігати гриби в холоді, але не більше доби після збору в ємностях з жорсткими стінками, а не в поліетиленових пакетах.
Щоб насолоджуватися смачною їжею з грибів і предоствратіть неприємності, пов'язані з ними, слід дотримуватися правил, а саме: не купувати, чи не збирати і не вживати незнайомі вам гриби, не зрізати їх у шосе, не зловживати грибними стравами, не допускати виникнення ботулізму. Потрібно пам'ятати, що користь грибів дуже велика, але вживання небезпечних грибів може спричинити летальний результат.