Після смерті Івана Грозного, а потім його бездітного сина Федора династія Рюриковичів обірвалася. На Земському соборі 1598г. новим царем був обраний один з близьких до Івана Грозного царедворців - Борис Годунов. Прагнучи зміцнити свою владу, він вжив заходів до зміцнення положення землевласників з числа як бояр, так і дворян. Зроблено це було шляхом подальшого закріпачення залежного селянського населення. Ще в 1597 р було видано царський указ, що вводив «певні літа», за яким було передбачено п'ятирічний термін розшуку і повернення власникові втікачів. Холопи, що потрапили в кабалу за неповернений борг, втрачали право отримання свободи після сплати боргу і залишалися в залежності до самої смерті того, кому вони були зобов'язані. Вільний селянин, влаштувався за наймом, через півроку втрачав свободу і перетворювався в холопа. Лише сильний голод 1601-1603 рр. змусив Бориса Годунова дозволити селянам перехід від одного господаря до іншого і звільнення тих холопів, яких землевласник був не в змозі прогодувати. Однак це обернулося ще більш серйозними наслідками, так як «звільнені» таким чином люди були приречені на голодну смерть. Роздача державного зерна не змінила ситуацію.
Правління Бориса Годунова було ознаменовано підтримкою посадского населення, введенням низки пільг і привілеїв тим, хто займався ремісничим виробництвом і торгівлею. Прагнучи освоїти землі, приєднані Іваном Грозним в Поволжі, цар Борис заклав тут кілька нових міст. Велике кам'яне будівництво велося при ньому і в Москві.
Ще будучи «государем-правителем» при Федора Івановича, Годунов домігся введення патріаршества на Русі. Цей крок був серйозною підтримкою для царської влади.
Причини Смути: припинення династії, посилення податкового преса, устремління боярства до влади, селянські та козацькі виступи, іноземне втручання, економічні негаразди.
Її головними причинами були помітно погіршився економічний стан країни в результаті декількох підряд неврожайних років і загострення невдоволення владою царя Бориса з боку практично всіх верств населення. Бояри висловлювали незадоволення з приводу менш знатного, ніж у них, походження нового царя. Частина дворян виявилася незадоволена перебоями з виплатою платні. Багато селян, які постраждали найбільше, що зазнавали посилення кріпосного тягаря, виявилися на межі виживання в неврожайні роки. У цих умовах було достатньо будь-якого приводу для дискредитації влади царя Бориса. Таким приводом стала з'явилася ще в кінці 90-х рр. версія про те, що в 1591 в Угличі загинув не молодший син Івана Грозного царевич Дмитро, а інша дитина. Незабаром в Польщі з'явився чоловік (припускають, що це був побіжний чернець з московського Чудова монастиря Григорій Отреп'єв, близький до боярам Романовим), який називав себе «дивом врятувалися» сином Івана Грозного. Він звернувся за допомогою до польським магнатам і королю Сигізмунду III. Лжедмитрій прийняв католицьку віру, пообіцяв підпорядкувати Російську православну церкву папі римському, передати Польщі частину російських земель. Натомість поляки надали йому велику фінансову допомогу і спорядили військо.
Новим царем був проголошений представник старої боярської знаті - Василь Шуйський. Однак восени 1607 року за підтримки поляків з'явився новий самозванець - Лжедмитрій II, який оголосив себе «воскреслим» царем Дмитром. Він зумів дійти до Москви, де в передмісті Тушино створив власний двір, Боярську думу, накази, роздавав землі і посади тим, хто виявив бажання його підтримати. «Тушинського злодія» підтримали і деякі території. У цих умовах, не маючи сил для розгрому самозванця, Василь Шуйський звернувся по військову допомогу до Швеції, яка направила свої війська в Росію (війська самозванця були розбиті, а незабаром загинув і він сам), але яка вимагала за це частина російських земель на Балтиці. Це послужило приводом для безпосереднього військового втручання в конфлікт Польщі, яка перебувала в стані війни зі Швецією. Польська армія рушила на Москву, а російські війська не могли їй успішно протистояти. Проти Василя Шуйського був складений змову, в результаті якого він був скинутий із престолу і насильно пострижений у ченці, а в Москві було утворено тимчасовий уряд з семи бояр ( «Самбірщина»), яке впустило в Москву польські війська і запросило на царський престол польського королевича Владислава. Однак Сигізмунд III хотів стати головою об'єднаного польсько-російської держави і виношував плани приєднання Росії до Польщі.
Проте боротьба тривала. Швеція вимагала від ослабленої Смутою Росії передати в якості плати за надану військову допомогу новгородські землі. Спираючись на польську армію, свої права на російський престол, як і раніше висував королевич Владислав. Лише в 1617 р вдалося укласти Столбовський світ зі Швецією, за яким новгородські землі вдалося зберегти, але пожертвувати заради цього виходом в Балтійське море. Лише невдала спроба поляків захопити Москву привела до підписання Деулінського перемир'я, за яким Владислав відмовлявся від претензій на російський престол, але натомість Польща отримувала Смоленські, Чернігівські і Новгород-Сіверської землі.