Заснований в кінці XIV століття ченцями Єфросинія, Ігнатієм і Галактіон. Перша згадка в літописі - 1411 рік.
В 1411 році було побудовано Нікольський собор (з дерева), в 1417 році в літописах згадується про будівництво нового храму (колишній ймовірно згорів). У 1419 році було споруджено надбрамний дерев'яний храм на честь преподобного Антонія Великого. У 1458 році в обителі був похований її постріженнік, архієпископ Новгородський Євтимій, незабаром зарахований до лику місцевошанованих святих (загальноцерковне шанування встановлено в 1549 рік).
У XVII столітті монастир користувався заступництвом перших царів з династії Романових. У 1670-80-х роках до нього були приписані Миколаївський Понедельскій і Спаський Сяберскій монастирі. Ініціатором радикальної перебудови монастиря в кінці XVII століття був Боголеп Саблін (з 1683 по 1697 рік - настоятель Ніколо-Вяжіщскій монастиря), якого сучасники характеризують як людину честолюбного, добре відомого в Москві і має тісні зв'язки в середовищі вищого духовенства. Існує стійка думка, що Боголеп поділяв ідеї Никона, вже позбавленого патріаршого сану і помер до цього часу. У боротьбі за переважання духовної влади над світською Никон прагнув створювати будови, які за розмірами, архітектурним формам і обробці перевищували б царські. У здійсненні задумів Боголєпов міг брати участь і Новгородський митрополит Євтимій III. Євтимій був знайомий з Никоном, поділяв його погляди, любив пишність і помпезність. Будівельники в Вяжіщах були запрошені, ймовірно, з Москви. Столичні майстри врахували специфіку новгородських умов і особливості новгородської архітектури. У будівлях поєднуються московська пишність з новгородської строгістю.
До наших днів будівлі кінця XVII століття збереглися: Нікольський собор (в ім'я святителя Миколая, архієпископа Мир Лікійських) (1681-1683 роки, освячений в 1685 році митрополитом Новгородським Корнилієм), трапезна з церквами святого апостола і євангеліста Іоанна Богослова і Вознесіння Господнього (1694 -1698 роки), галерея, що з'єднує їх і має два парадних ганку. На початку XVIII століття в північній частині монастиря були побудовані два кам'яних корпусу: двоповерховий з келіями для братії і одноповерховий господарський корпус. Спочатку монастирський ансамбль оточувала дерев'яна огорожа. На початку XIX століття її замінила кам'яна.
Нікольський собор являє собою двоповерхову трехапсидное п'ятиглавий будівництво, з південної і північної сторін вона має кам'яні галереї зі склепіннями. Із західного боку фасаду знаходиться ганок з двома «полатке», які увінчані шатрами (вони були втрачені і відновлені на основі опису 1698 року). Декоративне оздоблення та сам тип будівлі [9] виявляють стилістичну схожість з храмами в Поволжі. У напівкруглих нішах по верхній частині фасаду храму збереглися розписи XIX століття. Фарби накладалися на цегляну поверхню, тому скульптури немов проявляються через поверхню стіни. У 1691 році нижній храм собору над могилою святителя Євфимія Новгородського, був освячений в його честь. Тут знаходилися його мощі і вериги. В даний час обидві церкви діють.
Особливістю будівель кінця XVII століття є використання кольорових кахлів - стрічковими фризами вони оперізують будівлю монастиря, прикрашають лиштви вікон. На невеликих кахлях зображувалися квіткові букети у вазі або геометричні фігури. Більші кахлі різноманітні по малюнку. На них зображені єдиноріг, лев, кінь, двоголовий орел, хрест. Кахлі, що зображують тварин однакові за забарвленням: фон бірюзовий, тіло жовте, грива, хвіст, копита пофарбовані в білий, синій або коричневий кольори. Найбільш яскраво изразцовое оздоблення трапезній, а особливо - церкви Іоанна Богослова. Нижній ярус трапезній, де розміщувалися службові та господарські приміщення, позбавлений кахлів, всі вони прикрашають верхні простору будівлі. Питання походження кахлів не вирішене. Вони могли виготовлятися в майстерні при Валдайском монастирі. Могли бути привезені з Москви або Ярославля, можливо, були місцевого новгородського виробництва.
По штатах 1764 року Ніколо-Вяжіщскій монастир включили в число другокласних; всі його землі були секуляризовані. У XVIII-XIX століттях на його території розташовувалася монастирська в'язниця.
У 1920 році монастир був закритий і відійшов до місцевого колгоспу. На другому поверсі трапезній палати розташовувалася школа. У Нікольському соборі богослужіння тривали ще близько 15 років. Настоятель монастиря архімандрит Серафим (Велицкего) в 1920 році був висвячений в єпископа Крестецкого, вікарія Новгородської єпархії.
Будинки монастиря сильно постраждали в роки Великої Вітчизняної війни.