Палеонтологія. Третім методом пізнання еволюційного процесу є вивчення будови викопних решток тварин, похованих в різних шарах .землі.
Якщо еволюційна теорія вірна, то в історії Землі, в земних шарах, що утворилися в різні періоди послідовно один за одним, можна по скам'янілим залишкам тварин і рослин простежити їх поступове перетворення. Дійсно, палеонтологія показує, що фауна і флора в різні геологічні періоди були різні. Палеонтологія встановлює поступове зростання подібності викопного світу з сучасним в міру наближення до цієї епохи, вона показує поступове загальне підвищення організації від організмів більш древніх пластів до організмам пластів більш пізніх. Палеонтологія дає уявлення про організацію великої кількості викопних тварин і рослин, вже вимерлих, відновлюючи таким шляхом багато проміжні групи, що зв'язують наші сучасники форми один з одним рядом переходів. Палеонтологія доводить, що еволюція йде не в одному певному напрямку по шляху до вдосконалення, а складається з двох протилежних процесів. Нарівні з прогресом йде весь час і регрес органів, які має таке ж велике значення для еволюції, як і прогрес.
Ембріологія. Четвертим методом з часу Дарвіна стало вивчення ембріології - науки про індивідуальний розвиток організму від яйця до дорослого стану. Там, де палеонтологія і порівняльна анатомія залишають прогалини, у багатьох випадках допомагає історія індивідуального розвитку. Вивчення будови послідовних стадій розвитку зародків дає можливість простежити поступове ускладнення від простого зачатка до складного органу, дозволяє простежити і поступове спрощення органу при регресивному развітіі- редукцію органу до рудиментарного стану або до його повного зникнення. Ще в додарвиновский період багато анатоми і ембріологи (Меккель, 1821) відзначали, що організм в процесі індивідуального розвитку від яйця до стану статевої зрілості проходить ряд стадій, що відповідають ступеням диференціації організмів від нижчих форм до вищих, Дарвін використовував ці дані для обґрунтування еволюційного вчення, пояснивши, що схожість зародків тварин різних систематичних груп на ранніх стадіях розвитку - наслідок їх спорідненості, а відмінності, що виникають в подальшому розвитку, є результатом зміни їх орг нізації внаслідок розбіжності ознак у процесі еволюційного розвитку. Ф. Мюллер (1864) обгрунтував роль ембріологічних даних для вивчення еволюційного процесу на великому порівняльному матеріалі з розвитку і біології ракоподібних. Одночасно російські дослідники А. Ковалевський (1840-1901), І. Мечников (1844-1916) і В. Заленського довели спорідненість різних типів тваринного світу на підставі подібності їх зародкових листків на ранніх стадіях ембріонального розвитку. Е. Геккель використовував всі ці дані ембріо логії для відновлення родинних взаємин організмів і сформулював основний біогенетичний закон. Геккель формулював його так: «Онтогенія є повторення філогенії. Інакше кажучи, розвиток організму від яйця до дорослого стану (онтогенія) є короткий і стислий повторення того шляху розвитку, який пройшов в протягом еволюції ряд предків цього організму (філогенія) ». Цим останнім Геккель зміцнив ембріологічний метод нарівні з іншими методами еволюційного вчення.
Скелет передньої кінцівки тапира, носорога і коні.
II-V - другий, третій, четвертий і п'ятий пальці, 1, 2 - ліктьова і променева кістки, 3 - зап'ястні кістки, 4 - п'ястно кістки, 5 - пальці