Накипні лишайники прикріплюються до субстрату гіфами серцевинного шару або подслоевіща, нижній коровий шар, як правило, не сформований. Накипні лишайники щільно зростаються з субстратом, часом відокремити їх від субстрату неможливо.
Лістоватие лишайники пухко прикріплюються до субстрату за допомогою спеціальних органів прикріплення, виростів нижнього корового шару: Ризине, гомфа або ін. Гомф - орган прикріплення деяких листоватих лишайників до субстрату у вигляді короткої щільною ніжки, найчастіше відходить від центру листоподібною пластинки. Ризине - товсті пучки гіф, що відходять від нижньої поверхні листоватих лишайників, службовці для прикріплення таллома до субстрату. Рейціни - гуми утворюють пучки гіф під слоєвіщем. Ризоїди - органи прикріплення листоватих лишайників до субстрату у вигляді волосків або тонких ниток, освічених грибними гіфами, що складаються з одного ряду витягнутих клітин. Псевдогомф - орган прикріплення деяких рунистих лишайників у вигляді короткої щільною ніжки з маленькою округлої платівкою на кінці.
Кущисті лишайники до субстрату прикріплюються тільки невеликими ділянками нижньої частини таллома: тонкими ниткоподібними ризоидами, псевдогомфом і ін
3. Грибний компонент лишайників (мікобіонта). Водоростевий компонент (фотобіонт).
Грибний компонент (мікобіонта)
Слоевище майже цілком складається з переплетених грибних гіф. Клітини фотобіонта розкидані в слань, або розташовані шарами. Слоевище цілком розташовується в повітряному середовищі. Гіфи лишайника мають витягнуті членики, що мають перегородки, цитоплазму, ядро. Оболонка гіф містить пектинові речовини, тому вона може розбухати і ослизнюються. Стінки потовщені (для захисту). Цитоплазма злегка зерниста. В ядрах лишайника налічується не більше 2-х хромосом. Особливістю будови клітини є наявність невеликого числа дрібних хромосом. Мікобіонта може проявляти виборчу здатність щодо фотобіонта. В процесі еволюції у лишайників особливі гіфи, яких немає у грибів:
1. Жирові гіфи - потовщення, мешковидной форми (маються у лишайників, які ростуть на вапняних субстратах, у видів родів Aspicilia, Gyalecta, Verrucaria, Opegrapha і ін.)
2. Ті, хто шукає гіфи - гіфи, які шукають клітини водорості або ціанобактерій.
3. охоплює гіфи - захоплюють фотобіонта.
4. рухатися гіфи - переміщують клітини водорості або ціанобактерій по слоевищ.
Водоростевий компонент (фотобіонт)
- водорості, що входять в слань лишайника. Вони відносяться до різних відділах:
1. Зелені (Clorophita)
2. Жовто-зелені (Xhantophita)
3. Бурі (Phaeophita)
4. Синезелениє (Cyanophita)
Порівняно невелика кількість видів водоростей здатне до існування в слань лишайника. Найбільш поширеним фотобіонтом є синезелениє водорість з роду Tubouscia (близько 10000 видів є як фотобіонта) Цианобактерии: носток, гліокапса, хроококус. Зелені: хлорококковие, улотріксовие, псевдохлорема, хлорема, хлоросорціна, псевдококус, третьеколія. Бурі: петродерма. У деяких випадках фотобіонт може змінюватися.