У 14-му столітті на землю новгородську прийшли ченці Ефросин, Ігнатій і Галактіон. Хотіли вони заснувати монастир. Сподобалося їм місце біля села Вяжіще, що означає болото, в верхів'ях річки Веряжа. Тут побудували вони свої келії. До них приєднався священик Пімен.
З історичних документів відомо, що в 1411 році в монастирі заклали дерев'яний Нікольський собор. Через шість років спорудили новий храм, замість колишнього. Ще через два роки спорудили з дерева надбрамну церкву Антонія Великого.
Історія монастиря пов'язана з ім'ям священнослужителя Євфимія. При ньому були закладені перші споруди з каменю - церкви св. Апостола Іоанна Богослова і Микільська, розширено територію. Покровитель монастиря помер в 1458 році і похований в монастирських стінах. Пізніше його зарахували до святих.
Перші стародавні споруди руйнувалися. До нас дожили будівлі, побудовані в кінці сімнадцятого століття. Це чудовий Нікольський храм, двоповерхова їдальня з двома церквами святого апостола і євангеліста Іоанна Богослова і Вознесіння Господнього, перехід, який має пару парадних папертей і з'єднує весь комплекс. Тоді ж будівлі монастиря прикрасили унікальними кахлями, що збереглися і зараз. У 18-му столітті на землі монастиря побудували нові кам'яні корпусу. Один з них має пару поверхів з кімнатами для ченців, інший однорівневий з господарськими приміщеннями. У 19-му столітті зробили огорожу з каменю, яка замінила колишню дерев'яну.
Нікольський храм спорудили в 1681-1683 роках. Освятив його в 1685 році священнослужитель Новгородський Корнилій в ім'я святого Миколая. Будівля має два поверхи, три апсиди, п'ять розділів, високий ганок. З півночі і півдня розташовані склепінні кам'яні галереї. За своїм виглядом собор схожий на поволзькі храми. Нижню церкву собору освятили в ім'я Євфимія Новгородського, колишнього священнослужителя. У ній зберігалися його останки і вериги. Верхній храм Миколи Чудотворця і нижня на сьогоднішній день є чинними. На стінах собору дійшла до наших днів цікава розпис дев'ятнадцятого століття. Зображення як ніби просвічуються крізь площині стін.