Монастирський наказ і переносному справ Наказ згадуються в записних книжках в 1628, 1 629 і 1 670 роках. З 1653 року називається Монастирський наказ. Під цією назвою наказ проіснував до 1677 року.
До половини XVII століття Церква як корпорація, за небагатьма винятками, користувалася повною автономією. Розвиток державної централізації вступало в протиріччя з таким станом речей. Необхідність дослідження фінансових коштів для покриття державних витрат викликала прагнення до обмеження церковних привілеїв, перш за все вотчинного землеволодіння монастирів і архієрейських будинків, в XV - XVI століттях. У XVII столітті воно виразилося в обмеженні церковного суду в Уложенні 1649 року.
При Патріарха Філарета в 1620-ті роки були засновані Патріарші накази. Розрядний, Палацовий, Казенний. Раніше функції, поставлений наказам, як прості доручення виконували Патріарші чиновники. Заснований Укладенням 1649 року Монастирський наказ стояв поза органів церковного управління, а тому викликав невдоволення духовенства. Виняток по судових справах було зроблено тільки для Патріарха, його чиновників і людей, що жили в Патріарших володіннях.
Дуже скоро в Наказі стали засідати світські чиновники: думні дворяни. Окольничий і дяки.
У 1701 році Петро I відновив Монастирський наказ, і доручив патріарші, архієрейські та монастирські справи боярину І. А. Мусін-Пушкін.
Згідно Укладенню 1649 года, Монастирський наказ повинен був бути тільки судовим органом, але фактично він виконував функції фінансові, адміністративні та поліцейські у церковних справах; здійснював збір коштів з церковних маєтків.
Патріарх Никон був непримиренним противником і критиком Монастирського наказу, що стало однією з сутнісних причин його конфлікту з Царем Олексієм Михайловичем.