Органом такого державного суду над церковним відомством зроблений був Монастирський наказ, виділений, як особлива установа, з наказу Великого палацу. До відомству монастирському наказом були віднесені всі судові справи цивільного характеру, що виникали в церковному житті незалежно від осіб, яких вони безпосередньо стосувалися.
Монастирський наказ своїм діяльністю викликав сильне невдоволення в середовищі духовенства. За "Укладення", монастирський наказ повинен був бути судовою установою, але на практиці він був установою і фінансовим, і адміністративним, і навіть поліцейським по відношенню до Церкви. Чиновники Монастирського наказу наказували відправлення державних нарядів, повинностей і платежів в церковних вотчинах і вимагали звітності у виконанні своїх розпоряджень, а також втручалися в справи чисто церковного характеру. Вони привласнили собі право вибирати священиків і паламар в монастирські села, звільняли настоятелів, келар і скарбників монастирів, втручалися в справи єпархіальних архієреїв.
Патріарх Йосиф не зробив зі свого боку ніяких спроб щодо охорони інтересів церковного відомства. Він, ймовірно, був задоволений, що патріарша область, по самому "Укладення", отримала деякі пільги, новий порядок суду над духовним відомством не торкнулася патріаршої області. Але в рядах духовенства знайшлася людина, геть немає мирився з новим законодавством, хоча і підписав його, - Новоспасский архімандрит Никон, майбутній митрополит Новгородський і патріарх Московський.