Фазоконтрастної мікроскопія передбачає вивчення біологічних об'єктів по контрастним зображенням, для чого достатньо мікроскоп купити і внести в його оптичну систему спеціальне пристосування - фазовий кільце.
При люмінесцентної мікроскопії об'єкт дослідження висвітлюють синіми або ультрафіолетовими променями, під якими мікроорганізми світяться різними кольорами. Для того щоб досягти такого ефекту флуоресценції, попередньо препарат проходить обробку флуорохромами малій концентрації.
Методи мікроскопічного дослідження набули широкого поширення у вітчизняній медичній практиці. Зокрема, люмінесцентна мікроскопія була головним методом дослідження при діагностиці онкології шийки матки Б.І. Железняковим, який віртуозно зчитував інформацію з препаратів в синьому видимому світіння. Цитологічні картини бачилися йому настільки наочними, що давали можливість безпомилково визначити стадію захворювання, перебіг його протікання і історію хвороби.
Фазоконтрастної і флуоресцентну мікроскопію також використовували у своїй медичній практиці Е. Ф. Опальова і A. В. Хохлов, які не менше майстерно діагностували рак шийки матки по рельєфності і колірному забарвленню підсвіченого препарату. При цьому вчені неодноразово відзначали зручність, ефективність і універсальність мікроскопічних досліджень.
Доктор B. Н. Нестерова використовувала методики мікроскопії при люмінесцентно-цитологічному дослідженні слизової піхви на кожній фазі менструального циклу. Спостереження показали, що в ході циклу спостерігається чітка диференціація форм клітин стінок піхви, що чітко простежувалося в результатах мікроскопічних досліджень.
В даний час обидві методики продовжують вивчатися вченими-медиками. Не обійшлося і без негативних відгуків. Зокрема, А.В. Брайцев вважає, що люмінесцентний метод безсилий при діагностиці раку шкіри, але цілком може бути корисним при обстеженні хворих, які страждають червоний вовчак та дерматозами.