Коефіцієнти структурної моделі можуть бути оцінені різними способами в залежності від виду системи одночасних рівнянь. Найбільшого поширення в літературі отримали наступні методи оцінювання коефіцієнтів структурної моделі:
1) непрямий метод найменших квадратів;
2) двохкроковий метод найменших квадратів;
3) трехшаговий метод найменших квадратів;
4) метод максимальної правдоподібності з повною інформацією;
5) метод максимальної правдоподібності при обмеженій інформації.
Розглянемо коротко сутність кожного з цих методів.
Непрямий метод найменших квадратів (КМНК) застосовується в разі точно ідентифікованої структурної моделі. Процедура застосування КМНК передбачає виконання таких етапів роботи.
1. Структурна модель перетворюється в наведену форму моделі.
2. Для кожного рівняння наведеної форми моделі звичайним МНК оцінюються наведені коефіцієнти.
3. Коефіцієнти наведеної форми моделі трансформуються в параметри структурної моделі.
Якщо система сверхідентіфіціруема, то КМНК не використовується, тому що він не дає однозначних оцінок для параметрів структурної моделі. В цьому випадку можуть використовуватися різні методи оцінювання, серед яких найбільш поширеним і простим є двохкроковий метод найменших квадратів (ДМНК).
Основна ідея ДМНК - на основі наведеної форми моделі отримати для сверхідентіфіціруемого рівняння теоретичні значення ендогенних змінних, що містяться в правій частині рівняння.
Далі, підставивши їх замість фактичних значень, можна застосувати звичайний МНК до структурної формі сверхідентіфіціруемого рівняння. Метод отримав назву ДМНК, бо двічі використовується МНК: на першому кроці при визначенні приведеної форми моделі і знаходженні на її основі оцінок теоретичних значень ендогенної змінної і на другому кроці стосовно структурному сверхідентіфіціруемому рівняння при визначенні структурних коефіцієнтів моделі за даними теоретичних (розрахункових) значень ендогенних змінних.
Сверхідентіфіціруемая структурна модель може бути двох типів:
1) всі рівняння системи сверхідентіфіціруеми;
2) система містить поряд зі сверхідентіфіціруемимі точно ідентифікуються рівняння.
Якщо все рівняння системи сверхідентіфіціруемие, то для оцінки структурних коефіцієнтів кожного рівняння використовується ДМНК. Якщо в системі є точно ідентифікуються рівняння, то структурні коефіцієнти по ним знаходяться з системи наведених рівнянь.