Харківський спеціалізований медико-генетичний центр є частиною унікального науково-навчально-лікувального об'єднання "Генетика", що включає в себе кафедру медичної генетики і Український інститут клінічної генетики Харківського Національного медичного університету, а також такі громадські організації: Українську асоціацію лікарів ультразвукової діагностики в перинатології, генетиці і гінекології; Асоціацію лікарів-генетиків та родин, що мають дітей з фенілкетонурією; Харківський благодійний фонд "Муковісцидоз" (асоціація батьків дітей-інвалідів, хворих на муковісцидоз); Фонд "Майбутнім поколінням"; Асоціацію сімей, що мають дітей з хромосомними особливостями.
У структуру Харківського спеціалізованого медико-генетичного центру входять такі підрозділи.
1. Приймальне відділення.
2. Відділення клінічної генетики (Центр спадкової патології сполучної тканини).
3. онкогенетичні консультація (онкогенетичні центр).
4. Відділення дитячої психоневрології.
5. Відділення ультразвукової діагностики (Центр перинатальної діагностики).
6. Відділення функціональної діагностики (Центр спадкової патології легень).
7. Відділення генетичного моніторингу.
8. Цитогенетична лабораторія.
9. Біохімічна лабораторія (Метаболічний центр).
10. Відділення молекулярної діагностики.
11. Патоморфологическая лабораторія.
12. Мікробіологічна лабораторія.