З моменту закінчення подій першого фільму проходить шість місяців. Нео, перебуваючи в реальному світі, виявляє у себе неймовірну здатність впливати на навколишнє: спершу він піднімає в повітря і гніт ложку, що лежить на столі, потім визначає положення машин-Мисливців за межами Зиона, потім в бою зі спрутом знищує одного з них силою думки на очах враженої команди корабля.
Нео і всі навколишні не можуть знайти пояснення цьому феномену. Нео впевнений, що цього є вагома причина, і що його дар якось пов'язаний з війною проти машин, і здатний справити вирішальний вплив на долю людей (цікаво відзначити, що в знятому фільмі ця здатність теж є, але вона зовсім не пояснюється, і на ній навіть не особливо загострюють увагу - може, і все тут. Хоча, після здорового роздуму, вміння Нео в реальному світі витворяти чудеса не має абсолютно ніякого сенсу в світлі всієї концепції «Матриці», і виглядає просто дивно).
Отже, Нео вирушає до Піфії, щоб отримати відповідь на своє питання, і дізнатися, що йому робити далі. Піфія відповідає Нео, що не знає, чому він володіє надздібностями в реальному світі, і як вони пов'язані з Призначенням Нео. Вона каже, що таємницю Призначення нашого героя може відкрити тільки Архітектор - верховна програма, яка створила Матрицю. Нео шукає спосіб зустрітися з Архітектором, проходячи через неймовірні труднощі (тут беруть участь вже відомі нам Майстер ключів в полоні у меровінгів, гонитва на шосе та інше). І ось Нео зустрічається з Архітектором. Той відкриває йому, що місто людей Зіон знищувався вже п'ять разів, і що унікальний Нео був навмисно створений машинами для того, щоб уособлювати для людей надію на звільнення, і таким чином зберігати спокій в Матриці і служити її стабільності. Але коли Нео питає у Архітектора, яку роль у всьому цьому відіграють його надздібності, які проявляються в реальному світі, Архітектор каже, що відповідь на це питання ніколи не може бути дано, бо він призведе до знання, яке знищить все, за що боролися друзі Нео і він сам.
Після розмови з Архітектором Нео розуміє, що тут прихована якась таємниця, розгадка якої може принести довгоочікуваний кінець війни між людьми і машинами. Його здібності стають все сильніше. (У сценарії є кілька сцен з вражаючими боями Нео з машинами в реальному світі, в якому він розвинувся до ультимативного супермена, і може майже те ж, що і в Матриці: літати, зупиняти кулі та інше) »
У Зіоні стає відомо, що машини почали рух до міста людей з метою вбити всіх вийшли з Матриці, і все населення міста бачить надію на порятунок в одному тільки Нео, який витворяє прямо-таки грандіозні речі - зокрема, отримує вміння влаштовувати потужні вибухи там , де він хоче.
Тим часом вийшов з-під контролю головного комп'ютера агент Сміт, який став вільним і отримав вміння нескінченно копіювати себе, починає загрожувати вже самій Матриці. Вселившись в Бейн, Сміт проникає також і в реальний світ.
Дзига і Трініті гинуть поруч з Нео, героїчно захищаючи Зіон. Нео в страшному розпачі збільшує свою силу до зовсім вже неймовірних масштабів, проривається до єдиного уцілілому кораблю ( «Навуходоносор» Морфеуса), і залишає Зіон, вибираючись на поверхню. Він прямує до головного комп'ютера, щоб знищити його, бажаючи помститися за загибель жителів Зиона, і особливо - за смерть Морфеуса і Трініті.<
На борту «Навуходоносора» ховається Бейн-Сміт, який намагається перешкодити Нео знищити Матрицю, оскільки він розуміє, що при цьому загине і сам. У епічної бійці з Нео Бейн також проявляє надздібності, випалює Нео очі, але врешті-решт гине. Далі слід абсолютно карколомна сцена, в якій осліпнув, але все одно все бачить Нео крізь міріади ворогів проривається до Центру і влаштовує там грандіозний вибух. Він буквально спопеляє не тільки Центральний Комп'ютер, а й самого себе. Мільйони капсул з людьми відключаються, світіння в них пропадає, машини завмирають назавжди і погляду глядача постає загибла, пустельна планета.
Яскраве світло. Нео, абсолютно неушкоджений, без ран і з цілими очима, приходить в себе сидячим в червоному кріслі Морфеуса з першої частини «Матриці» в абсолютно білому просторі. Він бачить перед собою Архітектора. Архітектор каже Нео, що вражений тим, на що здатна людина в ім'я любові. Він каже, що не врахував ту силу, яка вселяється в людину, коли він готовий пожертвувати своїм життям заради інших людей. Він каже, що машини на це не здатні, і тому вони можуть програти, навіть якщо це здається немислимим. Він каже, що Нео - єдиний з усіх Вибраних, який «зміг зайти так далеко». Нео питає, де він. У Матриці, відповідає Архітектор. Досконалість Матриці полягає, в числі іншого, ще й в тому, що вона не допускає, щоб непередбачені події завдали їй хоч найменший збиток. Архітектор повідомляє Нео, що вони зараз знаходяться в «нульовій точці» після перезавантаження Матриці, на самому початку її Сьомий Версії.
Нео нічого не розуміє. Він каже, що тільки що знищив Центральний Комп'ютер, що Матриці більше немає, як і всього людства. Архітектор сміється, і повідомляє Нео щось, шокуюче до глибини душі не тільки його, а й весь зал для глядачів.
Зіон - це частина Матриці. Для того, щоб створити для людей видимість свободи, для того, щоб дати їм Вибір, без якого людина не може існувати, Архітектор придумав реальність всередині реальності. І Зіон, і вся війна з машинами, і агент Сміт, і взагалі все, що відбувалося з самого початку трилогії, було сплановано заздалегідь і є не більше ніж сном. Війна була тільки відволікаючим маневром, а насправді все, хто загинув в Зіоні, боровся з машинами, і бився всередині Матриці, продовжують лежати в своїх капсулах в рожевому сиропі, вони живі і чекають нового перезавантаження системи, щоб знову почати в ній «жити »,« боротися »і« звільнятися ». І в цій стрункій системі Нео - після його «переродження» - буде відведена все та ж сама роль, що і у всіх попередніх версіях Матриці: надихати людей на боротьбу, якої немає.
Жодна людина ніколи не покидав Матрицю з моменту її створення. Жодна людина ніколи не вмирав інакше, як згідно з планом машин. Всі люди - раби, і це ніколи не зміниться.
Камера показує героїв фільму, що лежать в своїх капсулах в різних куточках «розплідників»: ось Дзига, ось Трініті, ось капітан Міфуне, погибщих в Зіоні смертю хоробрих, і багато, багато інших. Всі вони безволосі, дистрофічних і обплутані шлангами. Останнім показують Нео, виглядає в точності так само, як в першому фільмі в момент його «звільнення» Морфеусом. Особа Нео безтурботно.
Ось як пояснюється ваша суперсила в «реальності», говорить Архітектор. Цим же пояснюється і існування Зиона, який люди «ніколи не змогли б побудувати таким, яким ви його бачили» через брак ресурсів. І невже, сміється Архітектор, ми дозволяли б звільненим з Матриці людям ховатися в Зіоні, якщо у нас завжди була можливість або вбити їх, або підключити до Матриці знову? І невже нам потрібно було чекати десятиліття, щоб знищити Зіон, навіть якби він існував? Все-таки ви нас недооцінюєте, містер Андерсон, каже Архітектор.
Нео, з помертвілими особою дивиться прямо перед собою, намагається усвідомити те, що сталося, і кидає останній погляд на Архітектора, який говорить йому на прощання: - «В Сьомий Версії Матриці світом буде правити Любов».
Звучить будильник. Нео прокидається, і вимикає його. Останній кадр фільму: Нео в діловому костюмі виходить з дому, і швидким кроком прямує на роботу, розчиняючись в натовпі. Під важку музику починаються фінальні титри. »