Лабораторія прісноводної та експериментальної гідробіології. виділившись в 1960 році, продовжує традиції вивчення прісноводної фауни, висхідні в працям В.І. Жадина, В.М. Рилова, І.А. Кисельова та інших класиків гідробіології, які працювали в Зіні. В даний час основними напрямками дослідження лабораторії є наступні:
- Виявлення спільності, відмінностей структурної і функціональної організації екосистем різного типу (озера, річки, естуарії). У тому числі визначення видової, популяційної, тимчасової, просторової, трофічної структури екосистем різного типу.
- Визначення впливу екзогенних факторів (в тому числі антропогенного походження) на функціонування водних екосистем. Оцінка резистентності екосистем різного типу по відношенню до екзогенних факторів.
- Екологофізіологіческіе дослідження швидкостей росту, енергетичного обміну, харчування і біотичних зв'язків гідробіонтів. Визначення функціональних характеристик окремих компонент біоти: потоків речовини, енергії та інформації а також їх зміни в еволюційному аспекті і при антропогенних стресових впливах.
- Математичне моделювання окремих складових (популяції, спільноти, підсистеми) водних екосистем. Моделювання структури біотичних зв'язків і інтенсивності потоків енергії та інформації в екосистемах різного типу: озерах, річках, естуаріях.
- Проведення фундаментальних і прикладних досліджень в галузі біологічних інвазій. Дослідження систематики, поширення і життєвих циклів чужорідних видів; дослідження впливів чужорідних видів на співтовариства і екосистеми; розробка теорії стійкості екосистем до вселення чужорідних видів.
Лабораторія морських досліджень Зоологічного інституту РАН була створена в 1960 р Два головних напрямки досліджень лабораторії:
- Таксономія, біогеографія, філогенія та екологія морських безхребетних.
- Биогеоценология арктичних і далекосхідних морів Росії.