Основною відмінністю між антибактеріальними і протимікробними засобами є їх здатність запобігати розвитку бактерій.
Наприклад, антибактеріальне мило зазвичай знищує найбільш безневинні бактерії і бактерії середнього ступеня небезпеки, які можуть бути на поверхні шкіри людини. Протимікробні засоби, з іншого боку, запобігають поширенню бактерій, які можуть жити і розмножуватися усередині організму. Деякі з цих бактерій можуть сприяти розвитку захворювань і різних порушень, таких як акне.
І антибактеріальні та протимікробні засоби використовуються, щоб протистояти бактеріям, хоча найчастіше вони призначені для надання протистояння різних бактеріальних штамів.
Протимікробні речовини зазвичай використовуються у виробництві рецептурних антибіотиків, засобів для хіміотерапії і протигрибкових розчинів. Антибактеріальні ж кошти в основному застосовуються для придушення поширення мікробів, які викликають звичайну застуду і поверхневі інфекції шкіри.
Хлорсодержащий відбілювач - це приклад продукту, який володіє антибактеріальними властивостями і часто використовується для скорочення кількості поверхневих бактерій, які можуть жити на кухнях і у ванних кімнатах.
Одним з важливих відмінностей між антибактеріальними і протимікробними засобами є те, що протимікробні речовини зазвичай запобігають поширенню бактерій. Наприклад, протимікробні хімічні речовини запобігають росту цвілеві грибки, який зазвичай розмножується і поширюється дуже швидко. І хоча антибактеріальні засоби можуть знищувати наявні бактерії, їх необхідно постійно наносити або використовувати повторно, щоб позбутися від скільки-небудь наполегливого штаму бактерій. Протимікробні ж кошти часто не тільки знищують наявні бактерії, але і запобігають розмноженню бактерій і поширення їх на інші місця.
Часте використання антибактеріальних і протимікробних продуктів може послаблювати у людини його власну здатність боротися з інфекціями.
Найбільшою мірою це стосується певних типів антибіотиків, які використовуються для лікування легких і середньо інфекцій. Резистентність також може стати проблемою в зв'язку з антибактеріальними речовинами, використовуваними в продаваних без рецепта засобах для очищення обличчя і рук. Певним типам протимікробних хімічних речовин, таким як пеніцилін, вдавалося чинити опір здатності бактерій до розвитку резистентних штамів.