Історія Московського державного медико-стоматологічного університету бере початок в XIX столітті, з першої в Москві зуболікарській школи І.М. Коварская, відкритої в 1892 році і стала згодом Будинком радянського зубоврачеванія. Перед новою владою стояло складне завдання з організації зуболікарській і стоматологічної допомоги населенню.
Основним напрямком роботи МДМСУ була і є підготовка кваліфікованих лікарських фахівців. Вирішувати це завдання протягом всієї історії вузу допомагали видатні вчені, які принесли славу університету, медичній науці, Росії: Н.А. Семашко, П.Г. Дауге, М.Б. Янковський, А.І. Євдокимов. Завдяки їх зусиллям зубоврачеваніе стало медичної дисципліною.
Підготовка студентів та аспірантів ведеться на 100 кафедрах. В університеті є магістратура, аспірантура, докторантура, інтернатура, ординатура, спеціалізованої вченої ради по захисту кандидатських і докторських дисертацій.
Студенти денної та вечірньої форм навчання вивчають медичні дисципліни як профілюючого, так і загальноосвітнього характеру.
Університет має в своєму розпорядженні висококваліфікованим професорсько-викладацьким складом і займає 4-е місце в списку з 97 профільних вузів. Наукові ступені і звання доктора наук, професора мають 17,9% викладачів. За цим показником МДМСУ знаходиться на 8-му місці за висновком Акредитаційної колегії Рособрнадзора.
За виданням підручників і навчальних посібників (в середньому за рік видається 9,71 найменувань на 100 осіб професорсько-викладацького складу з вченими ступенями і званнями) вуз займає 4-е місце. А за кількістю аспірантів на 100 студентів університету належить 6-е місце з 97 можливих.
У 1932 році ГІСО був перейменований в Державний науково-дослідний інститут стоматології і одонтології, з цього моменту наукова робота інституту стала плановою. У ГНІІСО було організовано відділення: патофизиологическое, морфологічний, хірургічне, відділення соцстоматологіі, лабораторія по сталевому протезування. У 1933 році була організована Центральна науково-дослідна зубопротезна лабораторія для масового виготовлення сталевих зубних протезів.
У 1950 році директором інституту стає видатний організатор радянської охорони здоров'я, доцент Г.М. Білецький. За цей період значно збільшився контингент студентів, розширилися клініки, почалося будівництво нових баз, підвищився рівень підготовки науково-педагогічних кадрів, відкриті вечірній і заочний факультети.
З 1965 по 1968 рік ректором ММСИ був завідувач кафедри хірургічних хвороб, професор С.І. Бабичев, який був ініціатором відкриття лікувального факультету.
Ректор А.3. Бєлоусов, видатний організатор охорони здоров'я, який очолював інститут з 1968 по 1974 рік, активно підтримав ініціативу відкриття лікувального факультету, яке відбулося в 1968 році. Факультет готував лікарів для Москви і Московської області. Необхідно було створити нові курси і кафедри лікувального факультету, підібрати висококваліфікований склад викладачів, удосконалювати роботу навчальної частини і деканату. У 1968 році в інституті було відкрито факультет удосконалення лікарів з 2 відділеннями: стоматологічним та лікарів лікувального профілю. У 1975 році було відкрито факультет підвищення кваліфікації викладачів.