Багато інфекційні захворювання супроводжуються різними проявами на слизовій оболонці рота. Порожнина рота і в нормальному стані рясно заселена різними мікроорганізмами, більшість з яких представлені сапрофіти і умовно-патогенною флорою. При деяких умовах певні їх види з умовно-патогенних стають патогенними, т. Е. Переходять до паразитизму. Цьому сприяють зниження місцевої та загальної опірності макроорганізму, проникнення мікробів в екологічно незвичайну для них середовище (наприклад, при травмі), порушення симбіотичного рівноваги.
Захворювання, викликані умовно-патогенною флорою, прийнято називати ендогенними інфекційними хворобами, або аутоінфекція. До них відносять деякі фузоспірохетоз, кандидоз, актиномікоз, гнійничкові захворювання та ін.
Патогенна флора (паразити) викликає екзогенні інфекційні захворювання. Розподіл на ендо- і екзогенні інфекційні захворювання умовно і не завжди може бути обґрунтовано.
До найбільш поширених інфекційних захворювань, при яких до процесу залучається слизова оболонка рота, відносяться: 1) вірусні захворювання (простий і оперізуючий лишай, ящур, грип та грипоподібні захворювання, герпангіна, інфекційний мононуклеоз, вірусні бородавки); 2) виразково-некротичний гінгівостоматит Венсана; 3) бактеріальні інфекції (гнійничкові захворювання, дифтерія, туберкульоз, лепра); 4) мікози; 5) венеричні захворювання (сифіліс, гонорея). Як видно з перерахованого, ураження слизової оболонки рота може домінувати в клінічній картині інфекційного захворювання, і його лікування становить завдання стоматолога (наприклад, герпетичні ураження, виразково-некротичний гінгівостоматит Венсана). При інших же захворюваннях загальносоматичні лікування є провідним (наприклад, кір, інфекційний мононуклеоз, сифіліс, туберкульоз) і відноситься до компетенції лікарів інших спеціальностей.
У міру розвитку клінічної мікробіології все більше число хвороб стали відносити до інфекційних. Для багатьох захворювань порожнини рота інфекційна етіологія лише передбачається.