В молодості був найманцем, воював в Італії. Заробивши грошей, влаштувався в Севільї. став капітаном торгового судна. Розорився і опинився під загрозою в'язниці; щоб врятуватися, записався в експедицію Магеллана.
За дану експедицію король Карлос I (він же імператор Карл V) присвоїв Елькано особистий герб, на якому серед іншого був зображений земну кулю з девізом Primus circumdedisti me (лат. Ти перший обігнув мене), і призначив щорічну пенсію. На основі його оповідань імператорський секретар Максиміліан Трансільван склав перший звіт про подорож, який отримав більшу популярність в Європі.
На батьківщині мореплавця, в Гетария, пам'ять його увічнена кам'яною плитою з написом: «... славетний капітан Хуан Себастьян дель Кано, уродженець та житель благородного і вірного міста Гетария, перший обогнувший земну кулю на кораблі" Вікторія ". На згадку героя поставив цю плиту в 1661 році дон Педро де етава-і-Азі, кавалер ордена Калатрави. Моліться за упокій душі того, хто перший здійснив подорож навколо світу ».
Мав позашлюбного сина Домінго Елькано, народженого від Марії Ернандес Дерніальде.
російський морський адмірал, полярний дослідник, одна з ключових фігур Білого руху громадянської війни в Росії
німецький військово-морський діяч, адмірал
американський адмірал періоду Другої світової війни, командував авіаносцем «Лексінгтон» в початковий період війни на Тихому океані, пізніше авіаносними сполуками американського флоту
начальник політичної розвідки служби безпеки
французький дворянин, маршал і віце-адмірал
чекіст, відомий своєю участю у розстрілі Верховного Правителя Росії адмірала А
російський мореплавець, адмірал