Видалення іонів амонію зі стічної води може здійснюватися кількома методами очищення стічної води, в залежності від вихідного складу стічної води і необхідного ступеня очищення, в тому числі вони можуть бути використані послідовно.
Хімічний спосіб видалення амонійного азоту полягає в обробці стоків гіпохлоритом натрію або кальцію. При взаємодії з ними іон амонію відновлює розчинені у воді гіпохлорити натрію і кальцію до хлоридів. окислюючись при цьому до вільного азоту.
Видалення іонів амонію можливо так само шляхом хлорування в критичній точці, коли при їх взаємодії з газоподібним хлором утворюється вільний азот і хлорид іон. Проміжними стадіями цієї реакції є утворення
Однак, так як цей спосіб є досить дорогим. до того ж призводить до утворення хлоросодержащих органічних речовин, тому застосовується для очищення води, в якій є незначна кількість амонійного азоту.
Видалити амоній зі стічної води можна також впливом хлориду магнію і фосфату натрію, при цьому рН водного середовища повинен становити не менше восьми. При цьому утворюється осад нерозчинного амоній-магнієвого ортофосфата. який може бути видалений з води методами фільтрування. Цей спосіб також є досить дорогим.
Видалення амонію може також здійснюватися окисленням киснем повітря при аерації стічної води з високим значенням рН середовища. При цьому відбувається окислення амонійного азоту, що має негативну ступінь окислення до його нітритних і нітратних оксидів.